JAMA子刊：基因组测序更能发现健康婴儿的疾病风险

　　

Revvity（瑞孚迪，前身为珀金埃尔默）公司的研究人员发现，与基因组合测序相比，使用基因组测序对看似健康的婴儿进行筛查更能确定他们患儿科疾病的风险。

研究人员于7月31日在《JAMA Network Open》杂志上发表了这一成果。他们分析了2018年至2022年间收集的数据，这些数据来自Revvity旗下的ViaCord公司。这家公司为健康婴儿的父母提供自费的新生儿基因筛查服务。

新生儿父母既可以选择基因组测序，也可以选择基因组合（gene panel）测序。基因组测序分析了6,000个与疾病相关的基因，包括SNP、indel和拷贝数变异等，而基因组合测序主要分析与可采取行动的儿科疾病相关的268个基因，费用仅为前者的三分之一。

两种检测方法都使用全血、唾液或干血斑样本来提取DNA，所有分析都在Revvity的实验室中进行，基因组测序的周转时间为56天，而基因组合检测的周转时间为37天。

通讯作者、Revvity Omics公司的临床基因组学副主任Jorune Balciuniene称：“我们想比较两种概念上不同的新生儿筛查方法在主动筛查儿科疾病遗传风险上的效果。”

在562名看似健康的婴儿（平均年龄29天）中，基因组测序发现46名婴儿（8.2%）存在儿科疾病的风险，其中近50%的婴儿（22名）存在高外显率疾病的风险。相比之下，在使用基因组合测序时，只有13名婴儿（2.1%）被发现有儿童期疾病的风险，明显低于基因组测序。

“在通过基因组测序筛查的看似健康的儿童中，相当一部分有患上儿科疾病的风险，而这些儿童可能被有限的基因组合方法所遗漏，”作者写道。

基因组测序获得的大多数潜在诊断结果涉及两大类疾病——代谢性疾病和神经发育疾病，包括智力障碍和自闭症。作者指出，并非所有潜在的代谢性疾病都能通过美国新生儿建议统一筛查组合（RUSP）检测到。

美国的新生儿筛查方法目前仅限于RUSP，其中包括37种核心疾病。美国各州根据各自的计划对其他疾病进行有限、全面或强化筛查。“尽管这些都是可行动的疾病，但只有不到1%的新生儿被发现存在这些疾病的风险，” Balciuniene谈道。即使筛查范围扩大到基因组合中的268种可采取行动的疾病，但与全基因组方法相比，仍有四分之三的儿童会被漏诊。

作者认为，基于基因组测序的筛查结果将助力实现更好的儿童健康管理，比如早期干预、疾病监测，避开可能会加重病情的因素和药物，所有这些都能改善临床结局。此外，他们还表示，基因组测序能够更好地覆盖线粒体基因组，实现低异质性变异的检测。

尽管存在这些好处，但经济因素可能是一大障碍。“基因组测序已经进入主流医学，但成本考虑和报销问题阻碍了它被广泛接受，”作者写道。

根据ViaCord网站上的一份宣传册，一种名为“Genetic Insights Panel”的基因组合检测价格为750美元，而全基因组测序检测的价格为2,500美元。

不过Balciuniene认为，测序技术发展如此之快，在不久的将来，成本也许不再是限制因素。

原文检索

At-Risk Genomic Findings for Pediatric-Onset Disorders From Genome Sequencing vs Medically Actionable Gene Panel in Proactive Screening of Newborns and Children

JAMA Netw Open. 2023;6(7):e2326445. doi:10.1001/jamanetworkopen.2023.26445