中国学者创建“REDH”数据库，探访血细胞分化的RNA编辑组学

虽然造血细胞内的RNA编辑是哺乳动物必不可少的过程，但它也是许多血液疾病(如白血病)的基础。然而，整合我们对特定RNA编辑位点与血细胞分化之间关系的理解的数据库严重缺乏。为了解决这个问题，来自中国的科学家创建了REDH，这是一个综合数据库，列出了超过30,000个RNA编辑位点和近50万个健康和癌变造血细胞的编辑事件。

　　

通过RNA将DNA转化为蛋白质的过程远非直截了当。在参与蛋白质合成过程的几种RNA中，有几种可能在中途被编辑。在哺乳动物中，RNA编辑主要涉及通过脱氨将腺苷(A)转化为肌苷(I)，这可以产生广泛的影响。例如，A-to-I转换可以以不同的方式调节基因表达，并显著改变最终合成的蛋白质。

虽然RNA编辑是一个重要的生物学过程，但它也是包括癌症在内的一些疾病的关键潜在机制。因此，科学家们已经建立了大规模的数据库，记录了各种人体组织中的RNA编辑位点。这些数据库作为从RNA编辑组中识别潜在诊断或治疗靶点的有用平台，RNA编辑组包含给定细胞或组织中所有编辑的RNA分子。不幸的是，目前还没有针对造血细胞的RNA编辑的数据库。造血细胞的独特之处在于，它们可以发育成包括红细胞、白细胞和血小板在内的所有类型的血细胞。

在《Chinese Medical Journal》最近发表的一项研究中，由中国医学科学院Yanni Ma博士领导的一组研究人员着手解决这个问题。他们建立了一个名为“REDH”的新数据库，可以方便地访问健康和恶性造血细胞的RNA编辑组。

为了构建数据库，研究人员下载并分析了来自29名白血病患者和19名健康献血者的RNA测序(RNA-seq)数据。他们还包括来自12个小鼠造血细胞群体的RNA-seq数据。使用一种称为序列比对的技术，他们准确地识别了造血细胞中超过3万个A-to-I编辑位点，以及造血癌症中涉及的近50万个编辑事件。

该数据库由四个主要模块组成:辨证、疾病、充实和知识模块。“每个模块都支持用户定义的过滤器，根据用户定义的设置动态生成表格，结果可供下载，”Ma博士强调说。分化模块包含有关小鼠细胞群中A-to-I编辑的详细信息，目的是帮助科学家阐明RNA编辑与造血发育之间的相关性。另一方面，疾病模块表征了来自两种不同类型白血病的约50个样本中的40多万个A-to-I RNA编辑位点。它还结合了来自每个样本的临床和基因表达信息，允许在个体患者或队列中灵活地探索RNA编辑事件。

富集模块可用于探索超过9,000个RNA编辑位点的功能目的。它将这些位点分类为“染色质组织”、“DNA代谢过程的调节”和“染色体组织的调节”。这个模块可以帮助研究人员将观察到的特征或症状与任何相关的RNA编辑事件联系起来。最后，知识模块包含经过实验验证的RNA编辑事件，这些事件已知会影响造血和造血癌症。

REDH数据库将成为指导和加速RNA编辑及其与血细胞分化关系研究的有用工具。它可以让我们更深入地了解血癌，并为更好的治疗铺平道路。随着新发现的出现，该团队计划维护和更新REDH，正如马博士评论的那样，“为了使数据库与RNA编辑领域的发展保持同步，我们将继续监测新发表的文献，并扩大数据库中包含的血液疾病类型。”展望未来，Ma博士总结道:“我们希望我们的数据库将成为探索造血分化分子机制的宝贵资源，并确定白血病和造血恶性肿瘤的潜在治疗靶点。”

祝愿他们在REDH项目上好运，也希望他们能找到关于血癌的见解和治疗方法。

REDH: A database of RNA editome in hematopoietic differentiation and malignancy