PacBio公布一种新的高度同源基因信息学分析方法

Paraphase是一种新的信息学方法，使研究人员能够分析关键相关但难以进行基因分型的基因

　　

加利福尼亚州/美通社/ -高精度测序解决方案的领先开发商PacBio(纳斯达克代码:PACB)今天宣布了一种新的信息学方法，该方法可高精度地对旁系同源基因和假基因（pseudogenes）进行基因分型。新的计算工具，命名为“Paraphase”，通过识别同一基因家族的所有基因和假基因的每个单倍型的完整基因序列，可以实现变体检出、拷贝数分析和定相。许多医学相关基因属于片段复制，因此具有高度相似的基因家族成员或假基因。序列相似性常常导致易出错的读对齐和变体检出。 

PacBio公司计算生物学副总裁Mike Eberle说:“通过使用Paraphase，我们能够识别每个基因副本的完整序列，更重要的是，我们能够识别一个基因的功能和非功能副本的数量。”“这将使研究人员能够进行更准确的载体分析，并为研究这些复杂基因组区域的潜在遗传学提供一个框架。我们相信，将这种方法应用于更大、更多样化的人群数据，最终将使研究人员更好地理解医学上的重要问题，比如脊髓性肌萎缩症的沉默携带者。”

Paraphase已被用于一些具有高度相似的同源基因或假基因的医学相关基因，包括CYP21A2(21-羟化酶缺陷性先天性肾上腺增生)、TNXB (ehler - danlos综合征)、STRC(遗传性听力损失和耳聋)以及SMN1和2(脊髓性肌肉萎缩)。SMN1在序列上与其同源基因SMN2有99.9%的相似之处，而且这两个基因在种群中的拷贝数都是可变的。SMN1突变导致脊髓性肌肉萎缩(SMA)，这是婴儿早期死亡的主要原因。

利用现有技术对完整基因进行高通量详细序列分析是一项挑战，如果没有谱系信息，识别沉默携带者(一条染色体上有两个SMN1副本，另一条染色体上没有副本，占非洲人群携带者的27%)是不可能的。在最近的同行评审出版物中，Paraphase能够检测到SMA的这些致病变异。该研究还确定了主要的SMN1和SMN2序列单倍群，并通过基于谱系的分析表征了它们的共分离。此外，作者还发现了一对单倍型，可以作为非洲人群中携带两个SMN1副本的等位基因的遗传标记，展示了基于单倍型筛选沉默携带者的潜力。

Radboud大学医学中心基因组技术和免疫基因组学副教授Alexander Hoischen博士说:“事实上，HiFi测序不仅可以访问人类基因组中最困难的区域，而且还可以检出所有已知的变体类型，如snv、Indels和SVs，包括CNVs，以及这些位点的定相，这对罕见疾病研究的应用保持了很大的希望。”

随着更多的高度同源基因信息加入，Paraphase正被扩展为全基因组广义的同源基因检出工具，因为更多高度同源的基因被包括在内。Paraphase适用于全基因组测序和基于捕获的混合富集数据。它也可以适用于扩增子测序数据，当感兴趣的全部区域被捕获或放大时。

关于PacBio

Pacific Biosciences of California, Inc. (NASDAQ: PACB)是一家领先的生命科学技术公司，致力于设计、开发和制造先进的测序解决方案，帮助科学家和临床研究人员解决复杂的基因问题。我们正在开发的产品和技术源于两项高度差异化的核心技术，专注于准确性、质量和完整性，包括我们现有的HiFi长读测序技术和我们新兴的SBB短读测序技术。我们的产品解决了广泛的研究应用，包括人类种系测序、植物和动物科学、传染病和微生物学、肿瘤学和其他新兴应用。更多信息请访问www.pacb.com并关注@PacBio。

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