Nature：中外学者建立首个人类肢体发育的单细胞图谱并解析关键调控机制

张宏波/Sarah Teichmann合作建立首个人类肢体发育的单细胞图谱并解析关键调控机制

　　

发育过程中，我们四肢的形成并非一蹴而就，而是经历过复杂的细胞演变过程。四肢发育异常是全球报告最多的出生综合症之一，全球大约每500个新生儿即可发现一例。由于肢体发育涉及细胞命运决定和空间位置形成两个经典发育问题，长期以来其被作为发育生物学的重要模型进行研究。近年来发展的单细胞技术使得在人类中直接研究肢体发育过程中的细胞命运决定和空间位置形成成为可能。

2023年12月6日，中山医学院张宏波教授课题组等在Nature杂志在线发表了题为 A human embryonic limb cell atlas resolved in space and time 的研究论文，报道了基于单细胞转录组学和空间转录组学技术建立的首个人类肢体发育单细胞图谱，解析了从肢体发生早期到形态完全形成的细胞演变路径和细胞空间位置决定过程。

在这项研究中，中山大学张宏波教授课题组与Sanger研究所的研究者一起，首先运用单细胞转录组学技术，利用肢体发育过程中细胞演变过程的连续性，从多个时期不同个体取样，绘制了包含所有细胞类型的人肢体发育细胞连续演变图景。之后研究者结合空间转录组学技术精确定位发育中肢体中细胞的确切位置，以及随着发育时间变化细胞位置的变化规律。 利用该图谱，研究者能够追踪在特定时间和特定区域产生的细胞类型、鉴定到新的细胞类型，并可以对相应细胞类型详细刻画其激活的特定基因表达程序。这些时序性基因表达模式通常对塑造正在生长的四肢具有重要调节作用。

作为研究的一部分，研究人员证明这些基因模式对手和脚趾的形成有影响，并识别出关键调控基因。对组织进行染色进一步清楚地揭示了构成手指和脚趾的原始细胞类型如何以不同的方式将自身排列成形成指和趾的雏形，并确定了相应细胞类型的特异表达基因。当这些基因的表达不遵循既定模式时，将导致特定的发育表型，如短指（手指或脚趾短）和多指（多余的手指或脚趾）发育异常等。

研究者还重点分析了构成肢体的骨骼肌，以及由肢体间充质细胞发育形成的组织类型的细胞发育模式。研究清晰鉴定到人类骨骼肌的两条形成路径以及各路径的特异表达基因，这些认识对后续进一步确定骨骼肌形成过程中的细胞命运歧化关键调节基因和机制具有重要的提示作用。有趣的是，研究发现调控上下肢差异决定的PITX1基因在调控不同肢体的骨骼肌形成却可能具有统一的机制。研究团队还同步获得了小鼠四肢的发育的单细胞转录组数据，发现四肢发育的许多方面在人类和小鼠之间具有极高相似性。

    总之，该研究在单细胞水平和2D空间结构层面解析了人类肢体，这一复杂解剖结构如何形成的过程。为进一步跨物种深入研究肢体发育的详细调节机制、肢体发育异常的细胞生理机制，乃至更广泛的发育和再生过程中细胞命运调节机制和空间位置建成机制提供了重要参考。

中山大学张宏波教授、英国Sanger 研究所Sarah Teichmann教授为该论文共同通讯作者。张宝（张宏波课题组博士后, 原博士研究生），Peng He (Sarah Teichmann课题组博士后)、John Lawrence(Sarah Teichmann课题组博士生)、王帅玉（张宏波课题组博士后, 现工作单位广州妇女儿童医疗中心）为该论文共同第一作者。研究得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、英国Wellcome Trust等基金支持。

中山大学中山医学院张宏波课题组利用单细胞测序、生化与分子细胞生物学、模式动物和人类疾病模型等研究能量代谢对衰老、发育再生等过程中细胞命运的影响。欢迎对上述方向感兴趣的博士后加入，也欢迎联系攻读硕博士研究生。

 

        原文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-023-06806-x