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全新短读长测序平台Onso推开Q40新世界大门!
【字体: 大 中 小 】 时间:2023年10月31日 来源:基因有限公司
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PacBio在2022年10月底,推出了一款全新的二代测序平台——Onso。该系统秉承了PacBio对于精准度的高要求,为短读长测序市场建立了新的标准。
新机型——Onso
PacBio在2022年10月底,推出了一款全新的二代测序平台——Onso。该系统秉承了PacBio对于精准度的高要求,为短读长测序市场建立了新的标准。
Onso系统以结合测序(sequencing by binding,SBB)化学为动力,提供开创性的短读测序性能,精度达到90% Q40+。这15倍的精度提高转化为罕见变异检测所需的灵敏度提高,显著降低了测序要求,并以更低的每个样品成本提高了总体吞吐量。
图1. SBB始终达到Q40+的质量分数,SBS在100个循环后的分数下降到Q30。
产品介绍
1. 测序原理
图2. SBB测序化学
与SBS的一个关键区别是,这个标记的碱基不被合并到DNA链中,而是在信号捕获后被洗掉。SBB化学分离了测序过程的结合和后续延伸步骤,从而消除了“分子疤痕”引入的错误。
2. 测序模式
3. 特点
准确度更高
独特的SBB技术可以提供90% Q40+的数据质量,以高15倍的准确度来灵敏、特异地表征低复杂区域。错误越少,假阳性结果就越少,就能为您提供更多生物学方面的见解。
灵敏度更高
Onso系统使用的read较少,可降低检测下限,从而提高液体活检等应用的灵敏度。因此,它能够识别其他短读长测序平台遗漏的变异。
工作流程更简单
简单的工作流程可轻松与现有的实验室流程集成,减少所需的时间和工作量。
高效
Q40+能够以较低的测序深度提供高质量的结果,在实现可扩展测序的同时节省时间和成本。减少了对唯—分子标签(UMI)的需求,降低了工作流程的复杂度和成本。
应用介绍
液体活检是一种对血液和其他液体中的循环肿瘤DNA (ctDNA)进行无创检测的方法,有望彻底改变癌症检测和监测的研究。由于ctDNA变异通常发生在非常低的频率,它们的检测需要超灵敏的技术,而SBB化学的精度提高,使得Onso在液体活检中具有非常高的低频等位基因检测灵敏度。
1. 灵敏度更高
Onso系统在同等覆盖率下实现了罕见变异检测灵敏度的大幅提升(A)。且SBB在采用比SBS低4倍的测序覆盖度(6000x vs 24000x)下,却可实现对低频等位基因变异更高灵敏度的检测(B)。添加基于UMI的重复数据删除可以进一步提高Onso性能(面板A中的SBB vs 面板B中的SBB)。
图3. ctDNA突变组合在五种变异等位基因频率(0%(WT)、0.05%、0.1%、0.25%和0.5%)下测试SBB和SBS测序的变异检测性能。
2. 假阳性更少
由于更高的Q分数意味着更高的信噪比,因此Onso系统的Q40+精度能够以更少的混淆错误进行自信的变体检测。SBS测序中的测序错误使得几乎不可能从噪声中区分变异(图3A),而Onso系统上的测序使真正的变异清晰(图3B)。
图4. SeraCare ctDNA完全突变混合物中示例NRAS Q61R变体的SBS (A)和SBB (B)的IGV输出。
基于极高的准确度,您可以利用Onso检测癌症研究应用中的低频突变、发现传染病中的低水平耐药突变、鉴定新的生物标记物并确认基因编辑结果,甚至进行单细胞测序等。
基因有限公司即将推出Onso试用服务,如果您感兴趣,欢迎添加产品经理企业微信进行一对一沟通,也可以联系您身边的基因人。
基因有限公司作为PacBio公司中国区合作伙伴,自2011年以来将PacBio第三代单分子实时测序技术引入国内,一直为国内用户提供专业的三代测序系统的安装培训,技术支持,应用培训与售后维护工作,赢得客户的一致好评与信任。基因有限公司将一如既往的支持越来越多的PacBio用户。
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