陈玲玲组建立基于CRISPR–Cas13技术的环形RNA功能筛选新方法

　　

　　7月13日，国际学术期刊 Nature Protocols 在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲研究组的最新文章“Screening circular RNAs with functional potential using the RfxCas13d/BSJ-gRNA system”。该研究工作详细介绍了研究组近期建立的基于CRISPR–Cas13技术的环形RNA筛选新方法。

　　环形RNA是一类共价闭环的单链RNA，细胞内大多数环形RNA是由mRNA前体的外显子通过反向剪接形成。除反向剪接位点（BSJ）外，环形RNA在序列上与其同源的线形RNA在一级序列上完全一致，因此，在研究环形RNA功能时如何将其与同源线性RNA的功能区分开来是领域中的一个难题。陈玲玲研究组前期开发并优化了基于CRISPR–Cas13的RNA编辑技术，能够特异性敲除靶标环形RNA,而不影响其同源线性RNA的表达，并成功应用在环形RNA的大规模功能筛选上（Li et al., Nature Methods, 2021）。基于CRISPR–Cas13在环形RNA功能研究上的技术突破，研究组受Nature Protocols期刊邀请详细介绍该技术的实验方法和流程，以期推动该技术在环形RNA功能研究领域的应用。

　　在该实验方法中，研究人员详细描述了针对环形RNA BSJ位点的前导RNA (gRNA)文库设计和构建，RfxCas13d稳定表达细胞系构建，细胞水平和体内水平的功能性环形RNA筛选以及筛选结果的计算分析流程等等。研究人员也对实验过程中可能遇到的问题以及注意事项进行了详细阐明。该方法不仅为环形RNA的功能研究提供助力，也为深入理解环形RNA奠定新的技术基础。

　　分子细胞卓越中心原副研究员李斯琪、副研究员乌皓为本研究论文的共同第一作者，陈玲玲研究员为本论文的通讯作者。该项工作得到了来自科技部、中科院和基金委的经费支持。

　　文章链接：https://www.nature.com/articles/s41596-022-00715-5 

基于CRISPR–Cas13技术的环形RNA功能筛选流程