一种新的方法可以使已知的病毒类群增加90倍！

病毒在调节微生物群中起着重要作用。然而，宏基因组学和元转录组学的使用只产生了世界上很小一部分病毒的分类。在这项研究中，研究人员使用了一种新的算法，对来自世界各地环境样本的715,672种宏基因组病毒进行了比较和合并。这将研究人员可获得的病毒类群从大约8000个扩大到723672个。然后，科学家们利用这些数据检查了来自两种杨树基因型的样本。

　　

科学家认为，地球上的病毒数量可能比银河系的恒星数量还要多。这些病毒在调节微生物群(共享特定栖息地的生物群落)方面发挥着重要作用。病毒也存在于整个人类生物群系中，甚至在健康人群中。科学家们使用两种关键方法来识别这些病毒。宏基因组学(又称环境基因组学)是直接从环境样本中提取遗传物质的研究。元转录组学是一门研究微生物基因在自然环境中如何表达的科学。然而，科学家们只有世界上很小一部分病毒的完整描述——称为分类。这限制了他们研究病毒如何在微生物群中发挥作用的能力。

这项研究使用了一种新的算法，对来自世界各地环境样本的715,672种宏基因组病毒进行了比较和合并。这将研究人员可获得的病毒类群从大约8000个扩大到723672个。然后，科学家们创建了一个病毒关联树的数据库。接下来，他们将数据库与其他数据结合起来，对两种杨树基因型(东部棉白杨和黑棉白杨)的根部、附近土壤和植物本身的样本进行了检查。

他们发现不同基因型的杨木病毒群落差异显著。他们还发现，土壤、树根和树木内部的病毒差异显著。这项研究将帮助科学家更好地了解病毒在微生物群落中发挥的作用及其对植物健康和生长的影响。

病毒是微生物群中一个尚未得到充分研究的组成部分。在这项研究中，来自橡树岭国家实验室(ORNL)、麻省理工学院、哈佛大学和田纳西大学的研究人员创造了一种新颖的方法，以前所未有的规模创建病毒分类树。该方法可与任何基于分类法的分类工具一起使用，以更好地识别病毒及其对微生物组的影响。美国能源部(DOE)用户机构联合基因组研究所(JGI)已经确定的715,672种宏基因组病毒可能只占现存病毒的一小部分，尽管将它们纳入可以将病毒分类的分类单元池增加约90倍。

虽然JGI病毒的独特性和多样性使它们在Kraken2样本中更难分类，但新方法在识别正确的JGI病毒序列方面仍有82%的准确率，在识别JGI识别的病毒序列方面的准确率超过90%。通过使用一种名为ParaKraken的Kraken2平行版本，研究人员表明，在宏基因组杨树基因型和隔室样本中识别病毒序列是可能的。此外，病毒分类群包含宏基因组样本中6-20%(平均15%)的序列读取。这些结果为更好地理解病毒可能在植物生物学中发挥的作用提供了一种手段。