Science介绍一种用于单细胞空间转录组学的新方法：sci-Space

　　

研究人员介绍了“sci-Space”，这是一种新的空间转录组学方法，可以在比以前的方法更大的尺度上保留单细胞分辨率和空间异质性。他们用这种方法构建了发育14天的小鼠胚胎的整个切片的单细胞图谱。单细胞RNA测序方法在理解生物体和复杂组织如何发育方面取得了巨大进展。

虽然细胞的空间组织是正常发育、稳态和病理生理学的中心，但许多单细胞RNA测序方法失去了有价值的背景空间信息。那些保存细胞之间空间环境的基因可以被限制在一组特定的基因和/或一个小的组织区域。为了克服这些挑战，Sanjay Srivatsan及其同事开发了sci-Space，这是一种空间转录组学方法，在保留单细胞分辨率的同时，还能在更大的尺度上解析细胞的空间背景。

Srivatsan等人的方法使用条形码寡核苷酸网格——合成DNA的短单链——可以从载玻片转移到覆盖的冷冻组织切片的细胞核中。根据作者的说法，sci-Space允许获得每个载玻片上数千个细胞的空间起源和转录组。为了证明他们的新技术，Srivatsan等人将sci-Space应用于小鼠胚胎发育。

通过捕获近12万个细胞的空间坐标和整个转录组，作者组装了一个空间解析的单细胞图谱，其中包含14个小鼠胚胎切片，并揭示了多种细胞类型(包括分化神经元)的空间表达基因。

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