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肝癌m6A调控因子与m6A相关基因的整合分析
【字体: 大 中 小 】 时间:2021年03月11日 来源:生物通
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本文作者来自中国广东省广州市中山大学的Jingdun Xie、Zhenhua Qi、Xiaolin Luo、Fang Yan、Wei Xing、Weian Zeng、Dongtai Chen和Qiang Li,讨论了m6A调控因子和m6A相关基因在肝细胞癌(HCC)中的整合分析。
《BIO Integration》发表新文章。本文作者来自中国广东省广州市中山大学的Jingdun Xie、Zhenhua Qi、Xiaolin Luo、Fang Yan、Wei Xing、Weian Zeng、Dongtai Chen和Qiang Li,讨论了m6A调控因子和m6A相关基因在肝细胞癌(HCC)中的整合分析。
N6-甲基腺苷(m6A)RNA甲基化与多种肿瘤的发生发展有关。本研究通过整合的生物信息学分析,对m6A调控因子和m6A相关基因进行了全面分析,包括表达、聚类、蛋白-蛋白相互作用和预后,从而为m6A调控因子和m6A相关基因在HCC中的作用提供了新的见解。
获得192个候选m6A相关基因和3个m6A调控因子,包括YTHDF1、YTHDF2和YTHDC1。这些基因和调控因子在肝癌不同阶段的表达存在显著差异。基于Cox回归分析,从98个m6A相关预后基因中提取19个基因,构建风险评分模型。肝癌患者1年和3年曲线下面积(AUCs)均大于0.7。基于对高风险和低风险评分组之间突变差异的分析,作者确定TP53在高风险HCC患者组中具有最高的突变频率,而titin(TTN)在低风险HCC患者组中具有最高的突变频率。
原文链接:Integration Analysis of m6A Regulators and m6A-Related Genes in Hepatocellular Carcinoma. BIO Integration, 2021, https://doi.org/10.15212/bioi-2021-0002
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