关于扩展CRISPR工具箱的专刊

　　

The CRISPR Journal 2020年12月号是一期关于扩展CRISPR工具箱的专刊。该杂志致力于验证和发表有关CRISPR和基因编辑各个方面的杰出研究和评论，包括CRISPR生物学、技术和基因组编辑，以及影响该领域的关键政策、监管和伦理问题的评论和辩论。

一、扩展CRISPR工具箱

2020年12月号以“扩展CRISPR工具箱”为主题，收录了8篇研究文章，其中包括丹麦和中国CRISPR Therapeutics和Metagenomi 的文章。

正如该杂志的主编Rodolphe Barrangou在本期社论中指出的：“本系列报道了许多这样的进步，尤其是Metagenomi 团队挖掘出了新型V-A Cas12酶。该系列还包括新的silico 工具，用于CRISPR-Cas系统识别和实际开发。除了工具，文章还包括引导设计和选择（来自中国）、Cas与效应器的融合（来自美国），非靶向方法评估（CRISPR疗法），以及DNA检测和外源DNA整合的应用。

二、评估CRISPR脱靶

了解使用CRISPR-Cas9进行非靶基因编辑的范围和流行率是确保该技术在患者中安全的关键任务。在“扩展CRISPR工具箱”专刊的头条文章中，来自CRISPR Therapeutics的研究人员对三种流行的“非靶点提名分析（off-target site nomination assays）”进行了细致的比较，作者比较了三种同源性独立的非靶点提名方法：基于细胞的GUIDE-seq和基于生化分析的CIRCLE-seq和SITE-seq。虽然三种方法的表现相似，但在提名的总位点数量上存在显著差异。然而，作者总结说，这三种方法都提供了可靠的“非靶标活动的综合评估”。

三、挖掘新CRISPR工具

Cas12a酶作为CRISPR工具箱中的工具越来越受欢迎。Metagenomi的同事们进行了包括未经研究过的生命体在内的大规模宏基因组分析，确定了V-A型CRISPR核酸酶的新家族，并在他们的基因编辑平台上进行了分析。这种新的核酸酶表现出广泛的蛋白质突变能力，并且可以通过一个单一的引导RNA进行编程。此外，有些还表现出意想不到的原间隔相邻基序（PAM）多样性。作者认为，这些系统将促进包括基因和细胞治疗在内的多种基因组工程应用。

四、孤立的CRISPR阵列

对CRISPR阵列的研究继续快速进行，揭示了一些令人惊讶的地方。在CRISPR杂志上的一份新报告中，资深生物信息学家Eugene Koonin和国家生物技术信息中心（NCBI）的同事们调查了13000多个微生物基因组序列，寻找与Cas基因不相邻的CRISPR阵列。利用生物信息，研究小组发现了分布在89个集群中的116个独一无二的真正的阵列，其中的重复序列与已知的CRISPR序列没有相似之处。在相关的Cas基因被发现之前，它们被认为是“孤儿”。

原文检索：The CRISPR Journal, Editor-in-Chief: Rodolphe Barrangou, ISSN: 2573-1599

（生物通：伍松）