CRISPR实验指南：如何检测CRISPR脱靶突变（三）

　　

CRISPR能帮助研究人员快速有效地对基因组进行有针对性的切割。它的特异性和易用性使其成为了颇具潜力的工具，可用于去除缺陷基因，治疗遗传疾病或癌症，编辑作物的基因组增加其产量或抗病性等。

然而，研究人员也首先必须克服CRISPR的主要限制之一：不仅在其目标位置切割，而且在具有相似序列的非预期位置上也会进行切割。这些脱靶切割可能发生在整个基因组中，导致产生损害细胞功能或直接杀死细胞的有害突变。

要想研发检测CRISPR脱靶突变的方法并不容易，但在过去几年中，研究人员提出了各种新方法。The Scientist杂志最新介绍了这些方法。

前文：

CRISPR实验指南：如何检测CRISPR脱靶突变（一）

CRISPR实验指南：如何检测CRISPR脱靶突变（二）

选择一种方法

这些技术目前尚没有金标准，研究人员必须选择最适合他们研究的方法。Jansing说：“你具有哪种方法的设备和知识储备，这是一个问题。”如果需要研究的更彻底，可以选择多种方法。

这些方法都不需要测序前准备步骤的特殊试剂，因此通常只需几天到一周即可完成。根据样品的数量，分析的费用可能从几百到几千美元不等。

但是研究人员需要二代测序设备，测序的成本可能因样本数量和测序深度而出现差异。虽然目前测序成本下降了，但测序还是这些研究方法中最昂贵的部分。Jansing说，“绝对需要数千美元”才能完成这些测序，“这不是为了好玩而做的事情。”

采用这些分析方法还需要生物信息学的专业知识来分析测序数据。

“最大的挑战就生物信息学分析，因为没有现成的商业软件包来进行分析，”Joung说。他和他的合作者编写了自己的代码来分析GUIDE-Seq和CIRCLE-Seq结果。同样，Frock的实验室为他们的LAM-HTGTS也编写了自定义Perl脚本。他说：“每种方法都存在方法学上的不同，因此想要有一个通过途径来分析所有这些，并不容易。”

同时，Joung和他的同事们正在研究商业解决方案。他们成立了一家名为Beacon Genomics的公司（现名为Monitor Biotechnologies），计划收费提供GUIDE-Seq和CIRCLE-Seq服务。 Joung表示，他希望公司可以通过帮助研究人员外包二代测序和生物信息学分析步骤，方便进一步研究。

这种商业化的检测方法可以促进脱靶检测广泛应用，为改进CRISPR，使其在医学和生物技术应用中更安全铺平道路。 Yan说：“为研究人员提供一个几个小时内可以检测的工具，就像一个小型工具包一样。这太棒了。”

（生物通）