用于鉴定涉及组织再生和癌症的新基因的深度学习方法

　　

2018年1月4日，马里兰州巴尔的摩市：Insilico Medicine是一个总部位于巴尔的摩、致力于应用深度学习进行药物研发的新一代人工智能公司, 最新在 Oncotarget 发表了题为“应用深层神经网络群来识别胚胎 - 胎儿过渡标记：抑制胚胎和肿瘤细胞中的COX7A1 ” 的研究论文。 这代表了从2015年来和BioTime 合作的高潮，首次将深度神经网络 (DNN) 应用于分析由BioTime公司采用高度控制和标准化的实验所采集的基因表达数据。

BioTime的科学家们从几种胚胎干细胞系开始，将其分化成许多完全分化的细胞，搜集样本并分析在多个分化阶段的基因表达数据。

“在BioTime和AgeX，我们渴望使用最先进的技术来研究衰老和再生。我们与Insilico Medicine 合作，采用最前沿的深度学习方法，对不同分化阶段的样品进行分析。我们从这些方法中获取生物信息，鉴定跟癌症相关的基因，并进行了进一步的实验验证。我们首次在多种不同类型的癌症中，如乳腺，肺，肾，骨骼和肌肉，鉴定了这个异常表达的基因，” AGEX的CEO, Michael D. West 博士说。

一些与胚胎到胎儿的转变过程相关的基因，在多种癌症中均表达异常。特征重要性分析表明，COX7A1是最重要的一个基因。这些新发现很可能给诱导组织再生，癌症的诊断和治疗提供新策略。关于此研究具体信息以及AgeX的商业计划，参见 http://www.agexinc.com 短视频。

“我们很高兴能与AgeX合作， 将人工智能 (AI) 应用于再生医学领域。深度学习应用于生物医学的主要挑战之一是实验验证以及专家解析所需要的大量的时间投入。我们在2015年使用的技术已经可以成为头条新闻，但是我们更希望与BioTimes勤奋的科学家一起投入时间，为生物领域的探索做些贡献。我们希望利用这些经验开发更好的药物，使人类能够做的更多，寿命更长, 感觉更好，” Insilico Medicine 公司的CEO, Alex Zhavoronkov 博士说。

Insilico Medicine 计划在2018 年30多个会议上展示其AI 在药物研发和生物标记的研究成果。Alex Zhavoronkov 会在另一个 AI 龙头企业, Atomwise, 举办的 AI in Pharma Reception 以及1月8-10 号，加州旧金山，JP Morgan Healthcare 会议中举办的 WuXi Global Forum 2018 上演讲及小组讨论。会议期间Insilico也将现场演示其blockchain-和AI-平台:Longenesis , 旨在让个人拥有对与健康相关数据的控制权 。

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论文参考：

West M, Labat I, Sternberg H, Larocca D, Nasonkin I, Chapman K, Singh R, Makarev E, Aliper A, Kazennov A, Alekseenko A, Shuvalov N, Cheskidova E, Alekseev A, Artemov A, Putin E, Mamoshina P, Pryanichnikov P, Larocca J, Copeland K, Izumchenko E, Korzinkin M and Zhavoronkov A. Use of deep neural network ensembles to identify embryonic-fetal transition markers: repression of COX7A1 in embryonic and cancer cells, Oncotarget. 2017