-
生物通官微
陪你抓住生命科技
跳动的脉搏
你纯化的样品真的纯吗?[心得点评]
【字体: 大 中 小 】 时间:2017年05月08日 来源:
核酸样本质控时,我们常用A260/A280,A260/A230的比值来评估核酸的纯度。一般认为,A260/A280比值dsDNA为1.8,RNA为2.0,A260/A230比值为2.0-2.2之间时,核酸纯度符合要求,可进行下游实验。但事实并非总是如此,有时这两个纯度比值对有些污染物(如苯酚)并不敏感。NanoDrop One 独有的Acclaro智能检测技术具有污染物鉴定的功能,可以帮助我们灵敏地检测出核酸样本中的杂质,给出准确的污染物信息和浓度信息。
有位同学在做分子克隆,他将PCR产物和酶切的载体切胶回收,对回收后的核酸样本进行质控,结果显示浓度和纯度都较好,但做连接却怎么也不成功。我们将回收的PCR产物用NanoDrop One检测发现,虽然纯度比值均符合要求,但“Acclaro”提示样本中存在苯酚的污染。苯酚是一种有机溶剂,会使蛋白变性,酶失活,原来这就是导致连接实验失败的罪魁祸首!
图1:该样品的纯度比值都比较正常,其实里面存在苯酚污染,NanoDrop One 独有的Acclaro智能检测技术帮我们灵敏地检测出样品中的杂质。
这是因为苯酚在230nm、260nm、280nm都有较高的吸收,所以核酸中有苯酚污染时,A260/A280、A260/A230的比值变化不明显。
图2:苯酚的光谱图
图3:dsDNA样本中加入不同量的苯酚,但A260/A280、A260/A230比值变化不大
我们准备了一个240ng/ul的dsDNA标准品,向标准品中加入不同量的苯酚,从下面的表格我们可以看出,当苯酚添加达到1200ppm时,A260/A280纯度比值才会出现异常,而苯酚添加仅为38ppm时,NanoDrop One 的软件就会给出警示,提示有污染物存在。Acclaro智能检测技术不仅可以帮我们监测污染物,还能进行浓度校正,消除污染物对核酸检测的干扰。从下面的表格可以看到,随着样本中苯酚的浓度增加,原始的DNA浓度也随之增加,而通过校正过的浓度却一直保持在240ng/ul左右,浓度校正的误差仅在10% 以内。
图4:我们向相同浓度的dsDNA标准品中加入不同量的苯酚,NanoDrop One 可给出DNA的浓度(原始)和纯度,3-9样本可以直接从NanoDrop One Acclaro 污染物分析界面获得校正的DNA浓度。
除苯酚外,NanoDrop One还可鉴定出蛋白质,异硫氰酸胍,盐酸胍等常见污染物,在整个核酸质控的环节,一路为您保驾护航,得到更准确的样本信息,让您可以更清楚地决定如何进行下游的实验。
我们现在还在进行NanoDrop One免费试用的活动,快来测测您的核酸样本是否存在污染物吧!立即申请试用>>
下载安捷伦电子书《通过细胞代谢揭示新的药物靶点》探索如何通过代谢分析促进您的药物发现研究
10x Genomics新品Visium HD 开启单细胞分辨率的全转录组空间分析!
今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 云展台 | BioHot | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 技术快讯 | 免费试用
版权所有 生物通
Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved
联系信箱:
粤ICP备09063491号