一个新软件让CRISPR方法更加容易

　　

生物通报道：最近，瑞典卡罗林斯卡学院和哥德堡大学的科学家，研发出了一个基于网络的软件——Green Listed，可以方便CRISPR方法的使用。该软件发表在《Bioinformatics》，可以通过greenlisted.cmm.ki.se网站免费获取。延伸阅读：Cell最新公布CRISPR技术新发现：更多的Anti-CRISPR蛋白；张锋2017年开年综述：CRISPR-Cas系统——细胞的生死抉择。

细胞是非常小的，并构成了一个生物体。人类身体中的细胞数量，大约相当于地球上人类数量的100倍。在绝大多数的这些细胞中是DNA长链。这些DNA链使得不同类型细胞的外观和行为产生了差异。CRISPR可以用来快速研究“DNA的不同部分对细胞有何直接影响”。使用这种方法，研究人员可以了解疾病的原因，并给出如何治疗的建议。

卡罗林斯卡学院医学系分子医学中心（CMM）的Fredrik Wermeling说：“我们使用CRISPR方法来研究免疫细胞和癌细胞。目的是为免疫系统相关疾病的患者，开发新的治疗方法，如关节炎、以及癌症。”

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Green Listed简化了CRISPR方法
CRISPR方法是基于天然存在于许多细菌的一个系统，该方法在最近几年已经引起了广泛的关注。使用CRISPR的一种非常行之有效的方法是，同时、平行地研究DNA的不同部分，称为CRISPR筛选。”“Green Listed”被专门用来促进这种类型的大规模研究。

Fredrik Wermeling说：“在我们的研究中，通过使用CRISPR方法，我们现在可以解释多年来试图弄清的现象。这主要是与CRISPR筛选实验有关，在这些实验中我们对分离细胞中大量选定的DNA部分进行并行的修饰。Green Listed软件大大简化了这一过程，对于我们的研究进展是非常重要的。”

DNA就像一本食谱
DNA是研究人员经常使用的一个抽象概念。Fredrik提出了一种方法来思考DNA，即，它类似于细胞内携带的一份食谱。

Fredrik总结说：“之所以说组成个体的细胞是不同的，是因为，它们以不同的方式使用不同的食谱。在一定程度上很多疾病可以通过‘患者的DNA中存在变化’来解释。与食谱一致的是，这可以被视为食谱中的一个或多个成分发生了改变。我们很容易想象，如果你改变食谱中的一种成分，最终产品是完全不同的，例如，从一汤匙糖到一汤匙的盐的变化。用CRISPR方法，我们可以快速地在单个分离的细胞中做出这种变化，从而了解我们所研究的疾病。”

（生物通：王英）

生物通推荐原文：
Sudeepta Kumar Panda, Sanjay V. Boddul, Guillermina Yanek Jiménez-Andrade, Long Jiang, Zsolt Kasza, Luciano Fernandez-Ricaud, Fredrik Wermeling, "Green Listed – A CRISPR Screen Tool," OUP accepted manuscript, Bioinformatics (2016). DOI: 10.1093/bioinformatics/btw739