南京大学杨永华组：降解组测序揭示玉米自交系种子发育阶段的差异表达miRNA

　　

MicroRNAs（miRNAs）是一类长度约为21-24nt的内源性非编码小RNA，通过翻译抑制、靶基因降解和基因沉默在转录后水平调控基因的表达，在植物的生长、发育、适应环境过程中发挥重要作用。

南京大学杨永华教授课题组为识别和比较两个玉米自交系在种子发育过程中的miRNA及其靶基因（即PH6WC和PH4CV），构建了两个小RNA文库和两个降解组文库。通过高通量测序和miRNA鉴定，从两个小RNA文库中鉴定出55个保守miRNA和24个新的特异的miRNA；此外，通过降解组测序和分析，从两个降解组文库中鉴定出对应于38个特异miRNA序列的137个靶基因转录本。随后，对16个显著差异表达的miRNA序列进行了qRT-PCR验证。其中，9个验证序列对应的30个转录本主要参与调节胚芽的开花和发育。

 
图 玉米自交系PH6WC和PH4CV种子发育阶段差异表达的miRNA及其靶基因

因此，研究结果表明，一些与生殖发育相关的miRNA（例如miR156，miR171，miR396和miR444）可能在玉米自交系PH6WC和PH4CV种子发育过程中差异表达。

本研究中的小RNA测序和降解组测序由联川生物协助完成

用户文章
Wu FY, et al. (2016) Comparison of miRNAs and Their Targets in Seed Development between Two Maize Inbred Lines by High-Throughput Sequencing and Degradome Analysis. PLOS ONE | DOI:10.1371/journal.pone.0159810.

联川生物为研究人员提供从miRNA鉴定到调控靶基因功能分析的一站式解决方案

获取更多用户研究案例，请访问www.lc-bio.com或拨打咨询热线0571-87662413
 
关于联川生物
联川生物成立于2006年，经过多年的快速发展，已成为业界领先的多组学技术服务商。公司拥有具有自主知识产权的µParaflo®微流体定制化芯片平台，可以为科研用户提供从基因组，转录组，到蛋白组的高通量定制化表达谱芯片解决方案。我们是全球首家提供microRNA表达谱芯片分析的服务商。作为国内最早提供高通量测序技术服务的公司之一，联川生物拥有经验丰富的技术团队和一流的生物信息学专家组，可以为研究人员提供多组学测序服务和深度个性化数据分析解决方案。为满足研究人员跨组学高通量研究需求，联川生物已将蛋白质组定量分析引入技术服务线，为用户提供贯穿中心法则的全程解决方案。多年来，联川生物一直与国内的科研团队保持着长期紧密的合作，助力科研人员在生物、医学、和农林领域的科学发现。全球科研用户使用联川生物的优质科研服务和高质量组学实验数据已发表了逾600篇高水平研究论文，其中已在Cell，Nature，Science系列顶级期刊上发表论文22篇。