中科院Genome Research发表环状RNA新成果

　　

生物通报道：早在几十年前，生物学家们就发现了环状RNA（circRNA）。环状RNA呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响不易降解，比线性RNA稳定得多。随着二代测序的发展，人们逐渐意识到环状RNA其实是非常普遍的。这些分子广泛存在于多种生物的细胞中，从古生菌、酵母、小鼠到人类。

环状RNA通常表达水平比较低，但它们的表达存在细胞和组织特异性。近年来的研究表明，环状RNA可以通过不同途径影响基因表达，有效扩展真核细胞转录组的多样性和复杂性。这种内源RNA分子已经成为了生物学领域的新热点。

环状RNA来自于外显子的反向剪接。通过选择性反向剪接和选择性剪接，一个基因位点可以生成多个环状RNA。中科院上海生命科学研究院的杨力（Li Yang）研究员领导团队，为环状RNA的选择性反向剪接和选择性剪接绘制了详细图谱。这项研究发表在七月一日的Genome Research杂志上。

研究人员对此前开发的计算分析流程进行了升级（CIRCexplorer2）。他们将这个工具用于不同的细胞系，系统注释了环状RNA的选择性反向剪接和选择性剪接事件，并将相关数据录入了CIRCpedia数据库（http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia）。这项研究为人们提供了宝贵的资源，有助于探索环状RNA生成的复杂过程，揭示环状RNA在不同细胞中的潜在功能。

杨力研究员一直走在环状RNA领域的前沿。2014年他和陈玲玲研究员在Cell杂志上发表文章指出，是内含子的互补序列介导了外显子环化。环状RNA的生成机制主要有两种模型：套索驱动的环化和内含子配对驱动的环化。这项研究为内含子配对驱动环化提供了有力支持，证实是内含子的互补序列介导了外显子环化，生成的选择性环化产物进一步扩大了哺乳动物转录后调控的复杂性。（更多详细信息参见：中科院Cell新文章聚焦环状RNA）

今年三月，杨力研究员领导团队在小鼠和人类基因组中鉴定了潜在的环状RNA衍生假基因。这项发表在Cell Research杂志上的研究表明，环状RNA发生反转录转座可能生成一些假基因，通过增加CTCF结合位点重塑基因组结构。而且这些假基因会在哺乳动物基因组中遗传下去。（更多详细信息参见：中科院Cell Research：circRNA衍生的假基因）

迄今为止，科学家们对环状RNA的生成机制还知之甚少。中科院上海生命科学研究院的研究团队对此进行了深入研究。他们四月七日在Molecular Cell杂志上发表文章揭示了新生环状RNA的加工过程，文章通讯作者是陈玲玲研究员和杨力研究员。（更多详细信息参见：中科院团队Cell子刊发表环状RNA新成果）

作者简介：

杨力，1975年11月生，博士，研究员。1998年于兰州大学获理学学士学位，2004年于上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所获博士学位，2004-2010年先后在美国耶鲁大学及康涅狄格大学健康中心从事博士后研究工作。2010年10月回国，任中国科学院上海生命科学研究院研究员，科研管理处处长。2011年7月在中科院上海生科院计算生物学伙伴研究所建立独立研究组，任研究员，课题组长，博士生导师。主要利用实验生物学和计算生物学相结合的方法，在转录组水平RNA表达调控和非编码转录组RNA系统发掘和机制研究等领域开展研究。2011年入选上海市“浦江人才计划”，2012年入选中科院“****”，2014年获得“明治生命科学奖”。承担的课题包括国家自然科学基金面上项目、973重大科学研究计划及上海市人力资源与社会保障部科留学人员科技活动项目等。

生物通编辑：叶予

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