山东省眼科研究所黄钰森组：人类眼结膜微生物群落新发现

　　

眼部细菌感染是很常见的，但运用传统培养与分子生物学方法鉴定结膜微生物群具有明显的局限性。而宏基因组研究可以弥补这些方法的缺陷。

研究人员运用Illumina高通量测序技术（MiSeq 测序平台）对结膜擦拭样本中所有细菌的16S rDNA V3-V4高变区进行测序。从测序数据中获得操作分类单元（OTUs）。接着，进行微生物分类、丰度、α多样性等生物信息学分析。31个结膜样本产生了840373个高质量测序reads。不同种类的OTU数量从159到2042不等，显示出很高的微生物多样性。这些组合的细菌菌落可分为25个门和526个不同的属。在属的水平，棒状杆菌属（28.22%）、假单胞菌属（26.75%）、葡萄球菌属（5.28%）、不动杆菌属（4.74%）、链球菌属（2.85%）、Millisia（2.16%）、厌氧球菌属（1.86%）、大芬戈尔德菌属（1.68%）、西蒙斯氏菌属（1.48%）、韦荣氏球菌属（1.00%）占整个微生物群落的76%以上，可能代表了正常结膜微生物群的“core genera”。

本研究运用高通量测序描述了正常成年人的结膜微生物群的组成成分和多样性，为调查微生物多样性在眼部表面疾病中所起的作用搭建了框架。

本研究中的16S rDNA测序分析由联川生物协助完成。

参考文献
Huang YS, et al. (2016) Defining the normal "core microbiome" of conjunctival microbial communities. Clin Microbiol Infect. doi: 10.1016/j.cmi.2016.04.008.

联川生物为研究人员提供从16S rDNA鉴定到微生物群落多样性分析的一站式解决方案

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