哈医大张岩课题组《NAR》发表疾病甲基化新成果

　　

近日，哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院张岩教授带领的计算表观遗传学课题组在著名生命科学杂志《Nucleic Acids Research》在线发表新成果，发布了人类疾病甲基化数据库DiseaseMeth version 2.0。

DNA甲基化是一种发生在DNA序列上的表观遗传修饰，在基因的转录调控中具有重要的作用，参与调控包括发育、X染色体失活、基因组印记等重要的生命过程，特别的是异常的DNA甲基化则会导致包括癌症在内的人类复杂疾病。因此，对于DNA甲基化与疾病的关系的收集整理对于揭示DNA甲基化的致病机制至关重要。该课题组于2012年在《NAR》首次发布了人类疾病甲基化数据库DiseaseMeth，自上线至今，已经为来自世界91个国家的七千余位科研工作者提供疾病甲基化信息的相关服务。

为了提供更为全面的疾病甲基化信息，张岩教授带领其研究生熊义春等人对数据库进行了较大幅度的更新，发布了全新的人类疾病甲基化数据库DiseaseMeth version 2.0 (http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/diseasemeth/)。DiseaseMeth version 2.0是对DiseaseMeth的重要更新，也是该课题组继人类组蛋白修饰数据库HHMD，哺乳动物印记基因信息资源MetaImprint和超级增强子数据库SEA之后开发的又一重要的数据资源。（延伸阅读：http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-6/2014620100051206.htm，http://www.ebiotrade.com/newsf/2016-1/2016120145540780.htm ）

通过整合包括TCGA、IHEC等公共的疾病甲基化大数据，重新识别了疾病中的异常甲基化基因，并通过人工搜索了近些年文献报道的新异常甲基化基因，在DiseaseMeth version 2.0中，甲基化谱样本数从3610增加至32701，疾病种类从72增加到88，甲基化相关的疾病基因关系对从216201增加到679602。除了数据的更新外，开发者还基于甲基化大数据的特征，重新设计开发了甲基化差异分析平台， 升级了疾病甲基化谱可视化浏览器DisMethBrowser，增加了“基因-疾病”、“疾病-疾病”、“基因-基因”相关性在线分析平台，数据库还提供了三个新的在线工具用于聚类分析，功能注释或者生存分析。

人类疾病甲基化数据库DiseaseMeth version 2.0 为科研工作者提供了更为全面的疾病甲基化信息和更为智能化的在线分析平台。张岩教授指出：“DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰，在疾病发生过程中具有重要的作用，而且目前已经有DNA甲基化相关的药物用于疾病的临床治疗，我们坚信对该表观遗传修饰的深入分析将有助于解析人类复杂疾病之谜，作为一个生物信息学课题组，我们将继续为世界范围内癌症等复杂疾病的研究和治疗提供更为便捷的服务”。

生物通推荐原文索引：
1. Xiong, Y., Wei, Y., Gu, Y., Zhang, S., Lyu, J., Zhang, B., Chen, C., Zhu, J., Wang, Y., Liu, H. Zhang Y. (2016) DiseaseMeth version 2.0: a major expansion and update of the human disease methylation database. Nucleic Acids Research.

2. Lv, J., Liu, H., Su, J., Wu, X., Liu, H., Li, B., Xiao, X., Wang, F., Wu, Q. and Zhang, Y. (2012) DiseaseMeth: a human disease methylation database. Nucleic Acids Res, 40, D1030-1035.