著名学者庄小威发表研究新成果 新方法助力单细胞RNA分析

【字体: 时间:2016年11月24日 来源:生物通

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  去年四月,哈佛大学著名学者庄小威教授在Science杂志发布了高度多重化的smFISH成像技术——MERFISH。现在,庄小威团队找到了提高MERFISH性能的好办法。他们在美国国家科学院院刊PNAS杂志上发表文章,详细介绍了一种特殊的样本处理方法。

  

生物通报道:系统性分析单细胞的RNA丰度和空间定位,有助于我们理解细胞和发育生物学的许多方面。单分子荧光原位杂交(smFISH)是在单细胞中研究RNA拷贝数和空间定位的有力武器。去年四月,哈佛大学著名学者庄小威(Xiaowei Zhuang)教授在Science杂志发布了高度多重化的smFISH成像技术——MERFISH。这种突破性技术能在单细胞水平上实现空间分辨的高度多重化RNA分析。(更多详细信息参见:著名学者庄小威Science再发突破性技术

现在,庄小威团队找到了提高MERFISH性能的好办法。他们在美国国家科学院院刊PNAS杂志上发表文章,详细介绍了一种特殊的样本处理方法。文章指出,高度多重化的单分子FISH可以在单细胞中实现空间分辨的基因表达图谱分析。然而,FISH探针脱靶结合和细胞自体荧光带来的背景,限制了该技术的一些重要应用,特别是在多重化程度更高、成像短RNA和组织样本的时候。

为此,研究人员开发了一种清理样本的方法。首先他们鉴定了FISH探针与细胞组分的脱靶结合,这是FISH背景的一个主要来源。为了去除这种背景,研究人员将样本嵌入聚丙烯酰胺,把RNA锚定在聚丙烯酰胺基质中,随后清除细胞的蛋白和脂质。这些蛋白和脂质也是细胞自体荧光的来源。

研究人员在清理过的样本中通过MERFISH检测了130个RNA的拷贝数。研究显示,样本清理使探针脱靶结合和细胞自体荧光的背景显著减少,但没有造成明显的RNA损失。这种处理不仅改善了MERFISH的检测效率和检测极限,还允许MERFISH拓展到四色通道,让检测通量大大提升。研究人员还用这种方法对小鼠脑部的复杂组织样本进行了MERFISH分析。

庄小威是著名的华裔女科学家,早年毕业于中国科技大学少年班,34岁时成为了哈佛大学的化学和物理双学科正教授,是哈佛物理系和化学系少有的双科教授。2012年庄教授当选为美国国家科学院院士,刷新了美国科学院最年轻华人院士的纪录。她所研发的超高分辨率技术STORM与诺奖得主Eric Betzig的成果不相伯仲,却和2014年的诺贝尔化学擦肩而过。(更多详细信息参见:超分辨率显微镜荣获诺贝尔奖 为何华人学者落选

庄小威教授领导的团队前不久开发了一种成像方法。他们用这种方法绘制了单条染色体上多个区域的位置,揭示了一些染色质结构域和隔间(compartment)的空间组织形式。这一研究成果发布在8月5日的《科学》(Science)杂志上。(更多详细信息参见:著名学者庄小威Science发表遗传学重要成果

生物通编辑:叶予

生物通推荐原文:High-performance multiplexed fluorescence in situ hybridization in culture and tissue with matrix imprinting and clearing

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