杨力受邀发表Molecular Cell综述解析可变剪接

　　生物通报道：中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所杨力研究组受邀在《分子细胞》（Molecular Cell）发表了题为RNA structure switches RBP binding 的专评文章，对该刊同期发表的一项题为RNA sequence context effects measured in vitro predict in vivo protein binding and regulation 的研究进行了点评和推荐。

杨力研究员早年毕业于兰州大学，杨力一直从事转录组水平的RNA复杂性及其调控研究，在RNA可变剪接、RNA反向剪接产生环形RNA、RNA编辑修饰和长非编码RNA等领域发表了一系列原创性科研成果，多次受邀为Cell、Molecular Cell、WIREs RNA等期刊发表研究专评和撰写综述。

高等真核生物中的可变剪接可以从一个前体mRNA分子产生多个成熟的mRNA分子，极大地拓展了基因功能的多样性。已有的研究表明，可变剪接受到具有特殊碱基短序列的顺式调控元件（RNA motif）和识别这些motif的RNA结合蛋白（RNA binding protein, RBP）调控。因此，发现和鉴定具有特殊序列的RNA motif及其相应RBP可以预测受调控的可变剪接。

但是，一些最新的生化结合高通量测序分析研究表明，体内大概只有很少的一部分RNA motif（约15-40%）能够与其相应的RBP结合。这提示，除了motif自身的特殊碱基序列以外，还有一些其它的序列／结构特征能够影响RNA motif与相应RBP的结合。在最新一期Molecular Cell上，来自于美国MIT的Christopher B. Burge教授实验室利用多种生化技术，结合计算和进化生物学方法对这一问题进行了系统分析，系统揭示了除了具有特殊碱基序列的RNA motif以外，区域性的RNA二级结构对RBP与RNA motif的结合具有决定性的作用

这从一方面来讲，当RNA motif序列位于RNA二级结构的单链开放区间时，其与RBP的结合能力较强，可以显著地调控可变剪接的发生；而从另一方面来讲，当RNA motif序列位于RNA二级结构的双链闭合区间时，其与RBP的结合被抑制，因此不能够调控可变剪接的发生。这一最新的研究成果提示区域性RNA二级结构可以作为调控RBP结合RNA motif的重要开关，为进一步建立更精确的RNA可变剪接预测模型提供了全新的研究基础。

作者简介：

杨力
****/研究员
简历：

1994.09-1998.06 兰州大学生物化学学士

1998.09-2004.03 上海生科院生化细胞所生物化学与分子生物学博士

2004.03-2004.07 上海生科院生化细胞所研究助理

2004.07-2006.12 美国耶鲁大学博士后

2007.01-2010.09 美国康涅狄格大学健康中心博士后

2010.10-2011.07 上海生科院科研处长

2011.07- 上海生科院计算生物所研究员课题组长

研究方向：

从1990年开始到2001年第一个人类全基因组测序结果发表，人类基因组计划仅耗材花费就高达30亿美元。利用新一代高通量测序技术，基因组测序的时间和耗费被极大地降低了，这使得高通量测序技术被广泛的应用于生命科学研究的各个领域中，极大的促进了现代生命科学的发展。我们利用高通量测序技术和相应的计算生物学分析方法，对真核生物RNA的表达调控在全转录组水平进行系统检测，主要围绕模式生物果蝇和人源胚胎干细胞及其定向分化的RNA选择性剪接和非编码RNA功能作用进行研究 ，并系统解析RNA的复杂调控网络。我们将利用实验（包括新一代高通量测序，分子和细胞生物学等）和计算（包括统计，生物信息等）生物学的方法进行系统研究，以期拓展我们在全转录组水平对RNA重要生理功能及其调控作用的全面认识。

原文摘要：

RNA Structure Switches RBP Binding

RNA sequence motifs are not sufficient for association with RBPs. In this issue of Molecular Cell, Taliaferro et al. (2016) demonstrate that, other than sequence motif, RNA secondary structure plays a repressive role on RBP binding, both in vitro and in vivo.