学习生物信息学分析技巧（必get宝典）

　　

生物通报道：今天的世界大不同，表现在生命科学研究领域，就是一切都开始进入了大数据时代，无论是DNA序列，显微图片，还是质谱数据，研究人员都越来越需要对这些庞大的信息进行收集、整合、处理和诠释。

近期The Scientist杂志联系了几位科学程序员，了解他们所使用的工具是什么，如果是菜鸟需要进行哪些训练等。

前文：如何从零开始掌握生物信息分析技巧

所需的工具

UNIX 和 Linux系统都有预安装软件，如果你没有，那么通过操作系统管理员也很容易获取。Macs系统包含一个现成的Python 解释器和C/C++ 编译器，但必须单独安装 R(www.r-project.org)。Windows系统在默认状态下，不包含任何一种编程语言，因此你可能需要自己安装。

程序员还需要的一个工具就是一个好用的文本编辑器，这是用于处理纯文本文件的程序，与之相对的就是处理特殊格式的程序，如Microsoft Word。核心程序员通常喜欢使用命令行编辑器 vi 或 emacs，在Linux 和 Mac系统中这两者都有预装。现在也有一些很强大的可配置程序，但是对于新手来说很难掌握，“这要求你自己想代码，因此我还是建议使用自己擅长的方法，”Trapnell说。

同时你还需要找到一种能够用特定颜色标记特殊语言关键词(“syntax highlighting”)，语法检查 (比如说要能找到错误的方括号和圆括号)，代码格式，以及处理多种文件的编辑器。

常用的两种就是Windows系统的Notepad++ (notepad-plus-plus.org)，以及Mac和Windows、Linux系统通用的Sublime Text (www.sublimetext.com)。同时还有一种Mac界面可用的AquaMacs (aquamacs.org)。

“我向我的学生强调的关键一点就是，尽量少用鼠标，”威斯康辛大学麦迪逊分校生物统计学和医学信息学教授Karl Broman说，“每当你将手从键盘中移开的时候，就在减慢速度。”

另外，如果你计划在某个平台（如 Mac 或 Windows）上从一种特殊语言开始的话，那么也许你应该尝试一下集成开发环境（IDE，integrated development environment），这是用于程序开发环境的应用程序，一般包括代码编辑器、编译器、调试器和图形用户界面工具，这能简化你的工作。

Mac C/C++程序员可以用免费的Xcode (developer.apple.com/xcode), Windows 用户可以使用Microsoft Visual Studio (www.visualstudio.com)。而对于 R 编程来说，常用的一种选择就是RStudio (www.rstudio.com)。Eclipse IDE (eclipse.org/ide)是一种支持多种语言的模块化工具，所有这些平台的基本版本都是免费下载，有些适用于高级用户的附加功能也可以获取。

未完待续……