RNA结合蛋白（RBP）siRNA文库

RNA结合蛋白（RNA binding protein，RBP）是细胞中一类重要的蛋白质，它们通过识别特殊的RNA结合域与RNA互作，广泛参与到RNA剪切、转运、序列编辑、胞内定位及翻译控制等多个转录后调控过程中。

RBP种类很多，大约占细胞编码的所有蛋白的6%~8%。目前为止，研究者只对为数不多的部分RBP的功能研究较为清晰，如AGO、HuR、AUF1、TTP、CUGBP2等，其中有很多是同非编码RNA（ncRNA）互作，控制ncRNA胞内定位、甲基化修饰、miRNA沉默复合体形成、可变剪切等生物学过程，在目前关于lncRNA等ncRNA的研究中，RBP的功能显得极其重要。对于RBP潜在功能筛选，具有重要生物学研究意义。

凭借多年RNAi技术研发经验及先进的高通量筛选平台，锐博生物成功研发出了人类RBP siRNA文库，覆盖1199个重要RBP基因。利用该文库，研究者可以平行分析已知RBP功能，迅速、全面地鉴定出与某个生物学过程或通路有关的候选RBP，指导下游RBP与RNA相互作用的研究，大大加快蛋白质与lncRNA及其他相关RNA分子研究的进程。

文库优势：

• 涉及1199个已知重要RBP基因，同时靶向不同转录本，覆盖面广；
• 采用优化的siCatchTM siRNA设计方法，筛选沉默效率更高、siRNA脱靶效应更低；
• 文库用96孔板封装，每孔包含0.25nmol混合型siRNA，对应一个基因，可进行50次筛选工作（筛选工作浓度50nM），存取方便，操作简单。

 
genOFF™ Human RBP siRNA Premix Library单块PCR板产品排布示意图

注：每块96孔板上包括80个靶向不同RBP基因的siRNA Premix，置于第1-10列，而第11列和第12列为空，您可根据实验需要设置相应的阴性对照，阳性对照，转染对照，空白对照及其他对照，相应对照产品可在官网中查询。

研究案例一：使用RBP siRNA文库筛选mRNA可变剪切和多聚腺苷酸化调控因子

研究者构建了一个靶向489个RBP基因的siRNA文库，同时设计了一个质粒系统，筛选检测mRNA可变剪切和多聚腺苷酸化（Alternative cleavage and polyadenylation, APA）调控因子，最终发现PABPN1是一个APA抑制因子，它会与切割和多聚腺苷化复合体结合于较弱的和非典型的近端多聚腺苷化信号位点（proximal polyadenylation signal, PAS），影响mRNA的3’UTR区域剪切和多聚腺苷化，并进一步影响miRNA在该区域的结合，从而调控mRNA的降解。研究者认为，由于有一些癌症是与PAS引起的mRNA 3’UTR区域缩短有关，PABPN1可能会参与到癌症发生过程。

 
利用特殊设计的质粒系统，通过荧光判断siRNA文库筛选结果

 
本项研究结果示意图

参考文献：Jenal M, Elkon R, Loayza-Puch F, et al. The poly (A)-binding protein nuclear 1 suppresses alternative cleavage and polyadenylation sites[J]. Cell, 2012, 149(3): 538-553.

研究案例二：使用RBP siRNA文库筛选低密度脂蛋白受体（Low Density Lipoprotein Receptor, LDLR）mRNA 3’UTR区域结合蛋白

使用一个靶向46个RBP的文库，通过检测荧光素酶确认LDLR mRNA 3’UTR结合蛋白，并进一步确认该蛋白对LDLR mRNA稳定性的调控。结合RNA pull-down、质谱检测及功能分析，确认hnRNP D、hnRNP I以及KSRP是LDLR mRNA稳定性的关键调控因子。

 
部分文库筛选结果

 
RNA pull down后Western Blot结果，hnRNP D、hnRNP I、KSRP明显结合于UTR1区域

参考文献：Li H, Chen W, Zhou Y, et al. Identification of mRNA binding proteins that regulate the stability of LDL receptor mRNA through AU-rich elements[J]. Journal of lipid research, 2009, 50(5): 820-831.

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