华人学者推出CRISPR新设计工具

　　

生物通报道：细菌一直在与病毒或入侵核酸进行斗争，为此它们演化出了多种防御机制，CRISPR/Cas适应性免疫系统就是其中之一。规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA的指引下，靶标并切割入侵者的遗传物质。

2012年研究者们利用这一特点，将CRISPR系统发展成了强大的基因组编辑工具。该系统使用简单而且扩展性强，很快便成为了生物学领域的香饽饽。2015年基因组编辑热潮在持续发酵，CRISPR/Cas9仍旧是最引人注目的话题之一，相关论文被大量下载和引用。

然而CRISPR/Cas9系统的应用还存在一个很大的问题，那就是缺乏设计引导RNA（sgRNA）的有效生物信息学工具。为了解决这一迫切的需要，华盛顿大学的王小伟（Xiaowei Wang）博士领导研究团队揭示了功能性引导RNA的特点，为人们提供了设计引导RNA的新工具。这一成果发表在十一月二日的Genome Biology杂志上。

几乎所有实验室都可以很方便的进行CRISPR基因组编辑，你只需要在自己感兴趣的细胞或生物中表达Cas9内切酶和引导RNA（gRNA）。内切酶Cas9会在gRNA的指导下引入位点特异性的双链断裂，然后细胞通过同源重组进行修复，最终改写基因组的特定位点。（延伸阅读：Nature Biotechnology：CRISPR再获重要改良）

研究人员对CRISPR RNA-seq数据进行分析，鉴定了许多代表高效sgRNA的新特征。他们在此基础上开发了一个生物信息学工具，可以帮助研究者们设计更加有效的sgRNA。这些sgRNA和设计工具可以在WU-CRISPR网页上免费获取。

作者简介：

王小伟（Xiaowei Wang）博士 1993年毕业于南开大学生物系，2000年毕业于美国塔夫茨大学医学院（Tufts University School of Medicine）获生物化学博士。毕业后相继于美国波士顿麻省总医院（Massachusetts General Hospital), 美国Applied Biosystems公司从事生物信息学研究。2007年加入华盛顿大学医学院，现任放射肿瘤系及生物医学工程系助理教授。实验室目前主要的研究方向是microRNA对基因表达的调控作用，尤其是在癌症发生中的机制研究及临床应用。

 

生物通编辑：叶予

生物通推荐原文：WU-CRISPR: characteristics of functional guide RNAs for the CRISPR/Cas9 system'