新方法分析临床样本中的组蛋白翻译后修饰

　　

生物通报道 欧洲肿瘤研究所（EIO）等机构的研究人员开发出一种基于质谱的流程，可分析FFPE临床样本中的组蛋白翻译后修饰。他们于上周在《Molecular & Cellular Proteomics》上详细介绍了这种技术。

利用这种技术，研究人员分析了一系列乳腺癌样本，发现Luminal A型乳腺癌和三阴乳腺癌中组蛋白H3的甲基化模式存在明显差异。他们认为，这些结果可作为概念验证，说明综合hPTM分析和FFPE样本的方法可实现回顾性的表观遗传研究。

FFPE组织作为最常见的临床样本保存形式，蕴藏了大量的信息，也带来了艰难的挑战。因固定过程导致大量的蛋白质交联，故蛋白质组分析困难重重。近年来，研究人员在不断开发新的提取方法，让这些宝贵样品能发挥更大潜力。

EIO的团队特别针对组蛋白开发出一种提取方法，能够从FFPE组织中收集这些蛋白，并且产量和纯度满足下游质谱分析的要求。他们通过比较小鼠的FFPE和冷冻组织来验证这种方法，发现组蛋白H3肽段的修饰图谱并没有受到长期保存的影响。

在分析过程中，他们使用了赛默飞世尔的Q Exactive仪器和super-SILAC标记，从FFPE乳腺癌样本中产生了24个不同修饰的组蛋白H3肽段的定量图谱，这些样本来自四种主要的乳腺癌亚型 – Luminal A型、Luminal B型、HER2阳性以及三阴乳腺癌。

研究人员根据这些样本的组蛋白PTM图谱，将它们定义成四个主要的群体：一个主要包含Luminal A型肿瘤，一个主要包含三阴样本和一个HER2阳性样本，而另两个混合了Luminal B型、HER2阳性以及三阴样本。

尽管这种分组与现有的乳腺癌亚型不一致，但研究人员确实发现在一些病例中，组蛋白PTM图谱与传统的亚型相关联。例如，他们发现组蛋白H3赖氨酸27的三甲基化增加与Luminal A型肿瘤相关，这种关联之前已经发现。此外，他们还发现Luminal A型和三阴样本的PTM图谱存在明显的差异。

研究人员认为，这篇文章证实了使用质谱对临床样本进行组蛋白PTM分析的可能性，之前这种分析主要是通过抗体开展的。他们在文中写道，质谱分析有一些潜在的优点，包括准确性更高，能够开发出多重分析等。（生物通 薄荷）

原文检索

Pathology tissue-quantitative mass spectrometry analysis to profile histone post-translational modification patterns in patient samples

Molecular & Cellular Proteomics. doi: 10.1074/mcp.M115.054510