澳大利亚购入首台PacBio测序系统

　　

生物通报道 澳大利亚昆士兰大学的Diamantina研究所（UQDI）近日宣布，它已通过Millennium Science公司，购入了澳大利亚第一台PacBio RS II单分子实时（SMRT）测序系统。如今，这台仪器已安装完毕并投入运行。

Diamantina研究所此次从澳大利亚癌症研究基金会（ACRF）获得资助，作为新成立的Diamantina个体化肿瘤护理中心（DIOCC）的一部分。

UQDI和DIOCC的主任，Matthew Brown教授表示，“DIOCC是南半球规模最大且最先进的基因组测序中心之一，而PacBio RS II的加入将我们推向一个独特的位置，来推进澳大利亚皮肤癌、血癌和乳腺癌的研究”。 他认为，ACRF与UQDI之间的协议将意味着研究机会和癌症患者结果的改善。

PacBio RS II测序系统带来了行业领先的测序读长，其平均读长约为8500 bp，而最长读长超过30000 bp。近期发布的P5聚合酶和C3试剂组合（P5-C3）让50%的碱基来自读长>10000 bp的读取，这使得每个SMRT Cell的通量几乎翻番。

Pacific Biosciences亚太区总裁Ram Laxman博士表示：“我们最近在亚洲举办了第二次用户会议，它汇集了一批顶尖的科学家，让我们看到了对SMRT测序的兴趣日益增长。我们也很高兴看到Brown教授的研究小组首次将SMRT测序的好处带给澳大利亚的研究人员。”

PacBio在经历了艰难的2012年后，来了一次大逆袭。2013年9月它宣布与罗氏诊断合作，开发基于SMRT技术的诊断产品。此后，引用PacBio RS系统的文章陆续发表。最近，有几篇文章强调了SMRT测序在传染病研究中的优势。

在最新一期的《科学-转化医学》上，美国NIH和Pacific Biosciences的研究人员利用PacBio的SMRT测序技术，解析了与抗碳青霉烯类肠杆菌（CRE）相关的医院获得性感染中质粒介导的抗生素耐药性。详情>>

之前，研究人员试图利用短读取（short-read）测序技术对含KPC的质粒进行测序和追踪，但遇到了一些问题。他们解释道，部分原因在于这些质粒往往含有大的、移动的遗传元件。为了解决这个问题，研究人员利用PacBio的RSII系统来产生单分子的长读取，这让他们能够同时查看细菌基因组的序列和质粒的序列。

研究人员认为，SMRT测序所提供的高度准确、完全连续的基因组序列数据，质疑了之前有关患者间水平基因转移事件的可能性，指出环境关联的可能性。“考虑到医疗机构的资源有限，序列数据可以指导感染控制措施的资金分配，从而提供最佳的患者护理，”研究人员总结道。（生物通 薄荷）

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