基因组学与蛋白质组学两大巨头建立合作

　　

生物通报道 AB Sciex和Illumina公司近日联手推出OneOmics™ 计划，其目的是在云计算环境中结合新一代蛋白质组学（NGP）和新一代测序（NGS）的工具。作为此计划的一部分，Illumina的应用商店BaseSpace将托管AB Sciex的SWATH™ 蛋白质组学云工具，这使得BaseSpace成为基因组学和蛋白质组学“大数据”的一站式中心。

SWATH™ 采集软件采用非数据依赖的采集方法，能够系统地生成完全的、高特异性的碎片离子全貌图，通过使用目标数据分析法可以查询任何感兴趣的蛋白质是否存在，并对其定量。传统的“鸟枪法”蛋白质组学测定不完整的蛋白质，故难以重复，而SWATH™软件解决了数据丢失的问题，第一次让重复的蛋白质组研究变得可行。

据AB Sciex介绍，SWATH软件能够一次查看数千个蛋白质，而几乎不需要方法开发。如今有了云端的应用程序，客户处理数据的速度可提高50倍。AB SCIEX的总裁Rainer Blair表示：“OneOmics计划将让组学研究获得更好的成果。我们已经开发了四个SWATH app，来支持质谱数据的处理、分析和查看。”

这四个应用程序分别为：

• Protein Expression Extractor – 处理原始的质谱数据
• Protein Expression Assembler – 蛋白质折叠变化分析
• Protein Expression Browser – 在生物学背景下查看结果
• Protein Expression Analytics – 数据质量审核

近年来，NGP和NGS都在不断产生大量的数据。AB Sciex与Illumina这种伙伴关系能够安全地存储、检索和管理大型的复杂数据集，并在生物学背景下查看它们，从而解决了生物医学研究中的瓶颈。苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold教授评价道：“利用这个平台，研究人员能够更快更高效地建立可预测、可行动的疾病模型。它让生物系统的多层析分析的重点从实验室数据获取转移到计算领域，让大型数据集能够全球共享。”

Illumina负责企业发展的高级副总裁Nicholas Naclerio表示：“这些新的蛋白质组学工具为BaseSpace增添了系统生物学的能力，创建了一个易于使用的云计算环境，实现了快速的数据分析。如今，BaseSpace让希望从系统水平了解生物学的任何人都能应用信息学。”（生物通 余亮）