中信湘雅与华大基因成功开发单细胞CNV分析新方法 助力生殖临床应用检测

　　

近日，中信湘雅生殖与遗传专科医院与深圳华大基因研究院合作建立了一种基于全基因组低覆盖度测序，从单细胞水平检测拷贝数变异(CNV)的信息分析方法（简称单细胞CNV方法），并将该技术回顾性分析了38个胚胎滋养层细胞。经过研究，科研人员发现该方法具有更高的特异性及灵敏性，未来可大力辅助生殖临床应用检测。

科研人员通过募集，获得被诊断患有唐氏综合征、猫叫综合征及微重复患者，以及三例胚胎样本。对细胞分离及活检取样单细胞进行全基因组扩增和低覆盖度高通量测序。通过研究分析发现这种基于高通量测序的单细胞CNV检测方法可以更好地解决全基因组扩增偏差问题，并能够从单细胞水平更加准确地检测拷贝数变异。这一新技术能从单细胞或微量DNA水平准确对CNV进行分析在植入前遗传学诊断/筛查（PGD/PGS），胎儿有核红细胞及循环肿瘤细胞检测中具有广泛的应用前景。研究成果已于2013年1月23日在《PLoS One》杂志发表。

1月24日，在《生殖生物学》（Biology of Reproduction）杂志上发表的题为《通过大规模平行测序检测人囊胚滋养层细胞中的染色体异常》（Massively parallel sequencing for Chromosomal Abnormality Testing in Trophectoderm Cells of Human Blastocysts）的文章中，华大基因的研究人员将单细胞CNV分析方法，成功对38例囊胚滋养层细胞进行染色体数目异常和不平衡易位进行检测。这是第一次将大规模平行测序方法应用到人类胚胎染色体异常检测研究。结果显示高通量测序方法可以更加准确、更加有效地检测胚胎染色体异常。据研究人员介绍，基于高通量测序方法检测染色体异常的主要优势在于该方法的准确性，在数据分析过程中可以矫正全基因组扩增偏差问题，解决了以往基因芯片分析中由于WGA偏差导致的结果可靠性问题。这项研究表明了高通量测序技术在PGD/PGS临床应用中的广泛前景。

参考文献：

1. Zhang, C., et al., A Single Cell Level Based Method for Copy Number Variation Analysis by Low Coverage Massively Parallel Sequencing. PLoS ONE. 8(1): p. e54236.
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0054236

2. Yin, X.Y., et al., Massively Parallel Sequencing for Chromosomal Abnormality Testing in Trophectoderm Cells of Human Blastocysts. Biology of Reproduction.
http://www.biolreprod.org/content/early/2013/01/17/biolreprod.112.106211.abstract