Nature Genetics：大规模全基因组肝癌调查

　　

生物通报道  肝细胞癌是最常见的肝脏肿瘤，在世界范围内肿瘤相关性死亡因素中排名第三，全球每年有超过50万新患者，中国新病例占了全球所有肝癌病例的一半以上（55%）。目前临床上最主要治疗肝癌的方法是手术切除和肝脏移植，经肝动脉栓塞的化疗法则作为第二线治疗。但是由于肝癌复发率高、且抗化疗药性强，整体治疗效果并不理想。

在最新一期（5月27日）出版的《自然遗传学》（Nature Genetics）上，分别由中日研究人员领导的两个国际研究小组针对肝癌展开了大规模的全基因组测序研究，这两项成果分别是针对乙肝病毒整合机制和病因学对于肝癌相关基因突变模式及复发突变的影响。

在第一篇“Genome-wide survey of recurrent HBV integration in hepatocellular carcinoma”文章中，中国香港大学、新加坡国立大学和华大基因等机构的研究人员对81例HBV阳性和7例HBV阴性的肝细胞癌（HCCs）和邻近正常组织进行了大规模平行测序，结果发现HBV整合在肝癌中是一种普遍现象，相比于邻近肝组织（30.7%），肿瘤中HBV整合的频率要高得多（86.4%）。在HBV基因组中大约40%的HBV断裂点位于HBV病毒增强子、X基因和核心基因定位的1800bp的区域内。研究人员还发现了复发HBV整合事件，这一点通过RNA测序和Sanger测序在已知和推测癌症相关TERT, MLL4 和 CCNE1基因上得到了验证。相比于正常组织，在肿瘤中这些基因的表达上调，表明这些基因可能在癌症的发生过程中起着非常重要的作用。此外，研究人员还报道了表明一些HBV整合与患者生存相关的数据。

在第二篇“Whole-genome sequencing of liver cancers identifies etiological influences on mutation patterns and recurrent mutations in chromatin regulators”文章中，来自日本理化研究所的研究人员测序和分析了27个HCCs的全基因组，其中25个与乙型或丙型肝炎病毒感染相关，包括2组多中心性肿瘤。尽管在多中心肿瘤中未鉴别出共同的体细胞突变，研究结果表明它们的全基因组置换模式却是相似的，这表明共有的的病因学背景有可能强有力影响了它们体细胞突变模式，但这些肿瘤是由来自独立的突变形成的。统计学和功能分析生成了复发突变基因的列表。多个染色质调控因子包括ARID1A, ARID1B, ARID2, MLL和MLL3在约50%的肿瘤中发生了突变。以高的克隆比例频繁观察到HBV基因组整合在TERT位点。此研究通过全基因组分析HCCs确定了病因学背景对于体细胞突变和随后癌变以及对HCCs中染色质调控因子复发性突变的影响。

（生物通：何嫱）

生物通推荐原文索引：

Genome-wide survey of recurrent HBV integration in hepatocellular carcinoma.Nature Genetics Year published: (2012) DOI: doi:10.1038/ng.2295

Whole-genome sequencing of liver cancers identifies etiological influences on mutation patterns and recurrent mutations in chromatin regulators.Nature Genetics Year published: (2012) DOI: doi:10.1038/ng.2291