上海派森诺生物科技有限公司实现跨越3个V区及ITS全长的宏基因组长读长高通量测序

　　

   上海派森诺生物科技有限公司近日首次实现了跨3个V区（V1～V3和V4～V6）和ITS全长的宏基因组测序。方案设计利用不同高通量测序平台对鸡的肠道环境样品进行宏基因组测序，通过扩增16s rDNA的多个V区（V1～V3和V4～V6）及ITS全长并进行高通量测序来鉴定检测环境微生物的多样性，每个样本的有效分析序列为5000条左右。上海派森诺公司创新性地利用Roche 454 FLX+超长读长的优势，设计开发了针对16S rDNA 多V区和ITS的全长扩增及高通量测序，相较于传统的454 FLX测序平台上进行单V区宏基因组测序，其跨越的可变区更长，测序更为准确，从而可以更精确地定位环境中微生物的分类（如图1）。

   同MiSeq高通量测序平台单V区的分析数据比对分析可知（表1）：同一样品多V区测序的有效数据要远高于单V区且更为准确，可定位至属的Reads比例最高则提高了8.55%，OTU比例最高则提高了20.72 %（如图1）。

   宏基因组测序结果表明，基于454 FLX+平台的超长读长的特点，跨越16S rDNA多V区的微生物检测手段准确性高，能够大大提高测序数据中定位至属的序列和OUT的比例。而对于一般微生物组成较为简单的样品，也可以选择Illumina MiSeq平台进行16S rDNA单V区的检测，其有效序列多，速度快，可节约大量宝贵的时间。此外，上海派森诺针对环境中真菌菌群的检测开发设计了测序ITS全长的实验方案，其鉴定结果更为灵敏准确。因此，针对不同的宏基因组测序要求，派森诺公司可以利用不同的测序平台提供适合的实验方案，为环境微生物检测提供高质量数据。此外，派森诺公司已利用国内首台454 FLX+和MiSeq平台完成了多种动植物转录组测序、Small RNA测序、基因组重测序及从头测序等工作。欲了解上海派森诺生物科技有限公司更多信息，可浏览公司网站：www.personalbio.cn

表1 不同测序方案比对分析
测序区域		V3	V1~V3	V4	V4~V6
OTU	定位至属数目	322	923	471	510
	总数	1613	2269	2194	1499
	定位至属比例	19.96%	40.68%	21.47%	34.02%
序列	定位至属数目	57826	49490	52555	53490
	总数	74783	62472	69577	63613
	定位至属比例	77.33%	79.22%	75.54%	84.09%

（图一 不同V区鉴定序列和OTU归类至属比例）

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