上海交大贺林院士最新论文解答研究疑惑

来自上海交通大学Bio-X中心的研究人员针对一种具有潜力的易感基因：SP110是否与结核病有关这一研究疑问，进行了大量的研究实验，指出结合MYBBP1A和 SP110 基因多态性分析将是识别中国汉族人群结核病患病风险的一种新标记。

　　

生物通报道：来自上海交通大学Bio-X中心的研究人员发表了题为“Identification of genetic associations of SP110/MYBBP1A/RELA with pulmonary tuberculosis in the Chinese Han population”的文章，针对一种具有潜力的易感基因：SP110是否与结核病有关这一研究疑问，进行了大量的研究实验，指出结合MYBBP1A和 SP110 基因多态性分析将是识别中国汉族人群结核病患病风险的一种新标记。相关成果公布在Hum Genet. 杂志上。

结核杆菌是引起肺结核等疾病的病原菌。肺结核曾长期被认为是不治之症，后来一些抗生素问世后，肺结核的治疗变得较为容易。但近年来结核杆菌对已有药物的耐药性逐渐增强，世界卫生组织也警告说，肺结核在全球有卷土重来的趋势，因此研究人员一直在致力寻找治疗肺结核的新方法。

遗传因素在肺结核发展过程中扮演了重要的角色，因此近年来这一研究方向也成为了肺结核研究的一大热点，之前的研究曾发现SP110基因与肺结核易感性具有关联性，并且这一基因也是控制结核病感染的一种很有前途的候选目标。然而一些SP110单核苷酸多态性（SNP）肺结核相关的研究成果却获得了相互矛盾的结果。

为了解答这些疑惑，在这篇文章中，研究人员希望能通过其它SP110相关基因，比如MYBBP1A 和RELA来分析解决这个问题，他们收集了来自702位患有肺结核的中国患者，以及425名健康对照的样品，通过MassARRAY和 SNaPshot 方法对6个 SP110 SNP，8个 MYBBP1A 和5个RELA个SNPs 进行基因分型。

其中MassARRAY技术是Sequenom公司推出的基因分析工具，能通过引物延伸或切割反应与灵敏MALDITOF质谱技术结合实现基因分型检测，比较适合于全基因组研究发现的结果进行验证，或者是有限数量的研究位点已经确定的情况。而SNaPshot 方法是一种以多重引物延伸为基础、可同时对多个已知SNP 位点进行遗传分型的自动化方法（ABI公司SNaPshot技术资料>> >> ）。

利用这些方法，研究人员发现MYBBP1A和 SP110 具有极大的肺结核遗传相关性，并且东亚人群的整合分析也指出这种高肺结核易感性。除此之外，研究人员通过基因分析也证明了MYBBP1A和 SP110 各自都与结核病存在关联。

这些研究数据都表明MYBBP1A和 SP110 基因多态性分析结合在一起，是识别中国汉族人群结核病患病风险的一种新标记，未来也许能用于诊断和治疗肺结核。

贺林院士研究组主要研究方向为疾病遗传相关性研究，今年其研究组曾在Nature Genetics杂志上发表文章，发现了与多囊卵巢综合症有关的8个新易感位点，这是继2010年研究人员发现的3个相关易感位点后的又一重要成果，为研究和认识该疾病的发病机制打下了很好的基础（详见上海交大贺林院士Nature Genetics文章）。

（生物通：万纹）

原文摘要：

Identification of genetic associations of SP110/MYBBP1A/RELA with pulmonary tuberculosis in the Chinese Han population.

Genetic factors play important roles in the development of tuberculosis (TB). SP110 is a promising candidate target for controlling TB infections. However, several studies associating SP110 single nucleotide polymorphisms (SNPs) with TB have yielded conflicting results. This may be partly resolved by studying other genes associated with SP110, such as MYBBP1A and RELA. Here, we genotyped 6 SP110 SNPs, 8 MYBBP1A SNPs and 5 RELA SNPs in 702 Chinese pulmonary TB patients and 425 healthy subjects using MassARRAY and SNaPshot methods. Using SNP-based analysis with Bonferroni correction, rs3809849 in MYBBP1A [Pcorrected (cor) = 0.0038] and rs9061 in SP110 (Pcor = 0.019) were found to be significantly associated with TB. Furthermore, meta-analysis of rs9061 in East Asian populations showed that the rs9061 T allele conferred significant risk for TB [P = 0.002, pooled odds ratio (OR), 1.24, 95 % confidence interval (CI) = 1.08-1.43]. The MYBBP1A GTCTTGGG haplotype and haplotypes CGACCG/TGATTG within SP110 were found to be markedly and significantly associated with TB (P = 2.00E-06, 5.00E-6 and 2.59E-4, respectively). Gene-based analysis also demonstrated that SP110 and MYBBP1A were each associated with TB (Pcor = 0.011 and 0.035, respectively). The logistic regression analysis results supported interactions between SP110 and MYBBP1A, indicating that subjects carrying a GC/CC genotype in MYBBP1A and CC genotype in SP110 possessed the high risk of developing TB (P = 1.74E-12). Our study suggests that a combination of SP110 and MYBBP1A gene polymorphisms may serve as a novel marker for identifying the risk of developing TB in the Chinese Han population.