Illumina HiSeq 2000帮助完成德国大肠杆菌疫情细菌de novo基因组测序

　　

近日，华大基因研究院发布最新研究进展，公布了第三版的含有最新测序数据的大肠杆菌基因组完成图谱，更完备的信息将有助于更完备的了解和监控疫情。

自５月中旬德国大肠杆菌疫情爆发以来，已对德国的公众健康造成了严重的危害，疫情也正陆续蔓延至欧洲各地。全球科研工作者们正利用深圳华大基因研究院早前公布的该大肠杆菌基因组序列信息积极的开展研究，为早日结束这场疫情而共同努力。

华大基因的研究团队数据和基于Illumina公司HiSeq 2000测序平台产生的数据，结合前期的数据结果进行序列拼接，从而得到第一个真正意义上基于从头测序的组装结果。这次新发表的全基因组组装结果，比早前发布的版本更加完整（完整度＞９９％）并且修正了之前可能出现的组装错误。对该版本的基因组序列的分析也同样证实了该大肠杆菌含有来自肠出血性大肠杆菌（ＥＨＥＣ)和肠黏附性大肠杆菌(ＥＡＥＣ)的致病基因。

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注：
最新的大肠杆菌组装序列信息，可通过以下链接获得：（ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/Ecoli_TY-2482/Escherichia_coli_TY-2482.contig.v2.fa.gz）

完整的大肠杆菌检测方法可在以下链接中查询：（ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/Ecoli_TY-2482/Specific_primers_for_PCR_detection.pdf）。