河南省CDC，华大基因采用新测序方法 发现新病毒

　　

生物通报道：来自河南省疾病预防控制中心，武汉华大基因研究院，军事医学科学研究院的研究人员发表了题为“Metagenomic Analysis of Fever, Thrombocytopenia and Leukopenia Syndrome (FTLS) in Henan Province, China: Discovery of a New Bunyavirus”的文章，发现了自07年就出现在我国的蜱虫病的致病病毒：新布尼亚病毒，这一研究组也研发出了相关的诊断试剂，并应用于该病的监测诊断中，目前还启动疫苗研发。相关成果公布在PLoS Pathogens杂志上。

文章的通讯作者是河南省疾病预防控制中心的许汴利教授，以及武汉华大基因研究院的陈唯军教授，前者早年毕业于河南医科大学，主要研究方向是分子生物学、传染病及寄生虫病流行病学。

据报道，中国疾病预防控制中心数据显示截至今年6月份，中国已有河南省、湖北省、山东省、安徽省、江苏等省报告“蜱虫病”病例280多人，死亡10余人。这种疾病学名发热伴血小板减少综合征，是一种自然疫原性疾病，蜱为其传播媒介。该病以发热伴血小板减少为主要表现，大多数患者有恶心、呕吐及食欲不振等消化道症状和乏力等表现，其中少数重症患者可因多脏器损害，救治无效死亡。

在2007年起，这一研究组就在河南省信阳、南阳地区发现了这一新发传染病，2010年从病例血样标本中成功分离出了一种新的病毒，命名为新布尼亚病毒，继而从分子生物学、免疫学、流行病学和临床特点等方面证明了这一新布尼亚病毒与该新发传染病之间的致病关系，从而确定了新布尼亚病毒为“蜱虫病”的主要元凶。这对于“蜱虫病”的检测诊断、临床救治和预防控制以及开展深入研究有重要意义。

值得关注的是，这项研究采用了一种有别于国际上传统发现新病毒的新型技术路线：采用宏基因测序技术首先发现未知病毒基因片段，建立分子生物学检测方法，再筛查出阳性标本，指导病毒分离。

宏基因组测序是对特定环境（或者特定生境）样品中的微生物群体基因组，进行序列的测定，以分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，探求微生物与环境，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。

这种测序方法避开了微生物分离培养的过程，扩展了微生物资源的利用空间，为研究微生物相互作用提供了有效工具，可以用于筛选疾病关联的微生物，鉴定疾病关联的微生物基因及其功能，疾病预防及诊断，和微生态制剂开发。

这篇文章采用的是Illumina高通量测序技术，以及华大基因的软件包：SOAP(Short Oligonucleotide Analysis Package)，这个主要是为生物信息工作者提供实用的新一代测序技术的基础生物信息工具。除此之外，Qiagen公司的QIAamp DNA和viral RNA mini Kit（QIAamp系列试剂盒）。

（生物通：万纹）

原文摘要：

Metagenomic Analysis of Fever, Thrombocytopenia and Leukopenia Syndrome (FTLS) in Henan Province, China: Discovery of a New Bunyavirus.

Since 2007, many cases of fever, thrombocytopenia and leukopenia syndrome (FTLS) have emerged in Henan Province, China. Patient reports of tick bites suggested that infection could contribute to FTLS. Many tick-transmitted microbial pathogens were tested for by PCR/RT-PCR and/or indirect immunofluorescence assay (IFA). However, only 8% (24/285) of samples collected from 2007 to 2010 tested positive for human granulocytic anaplasmosis (HGA), suggesting that other pathogens could be involved. Here, we used an unbiased metagenomic approach to screen and survey for microbes possibly associated with FTLS. BLASTx analysis of deduced protein sequences revealed that a novel bunyavirus (36% identity to Tehran virus, accession: HQ412604) was present only in sera from FTLS patients. A phylogenetic analysis further showed that, although closely related to Uukuniemi virus of the Phlebovirus genus, this virus was distinct. The candidate virus was examined for association with FTLS among samples collected from Henan province during 2007–2010. RT-PCR, viral cultures, and a seroepidemiologic survey were undertaken. RT-PCR results showed that 223 of 285 (78.24%) acute-phase serum samples contained viral RNA. Of 95 patients for whom paired acute and convalescent sera were available, 73 had serologic evidence of infection, with 52 seroconversions and 21 exhibiting a 4-fold increase in antibody titer to the virus. The new virus was isolated from patient acute-phase serum samples and named Henan Fever Virus (HNF virus). Whole-genome sequencing confirmed that the virus was a novel bunyavirus with genetic similarity to known bunyaviruses, and was most closely related to the Uukuniemi virus (34%, 24%, and 29% of maximum identity, respectively, for segment L, M, S at maximum query coverage). After the release of the GenBank sequences of SFTSV, we found that they were nearly identical (>99% identity). These results show that the novel bunyavirus (HNF virus) is strongly correlated with FTLS.

作者简介：

许汴利

男，1958年3月出生，河南开封人，中共党员，医学硕士，河南省疾病预防控制中心副主任，河南省优秀专家。

1983年毕业于河南医科大学医学系，1989年7月获医学硕士学位，2000年起任河南省卫生防疫站副站长、2004年起任河南省疾病预防控制中心副主任。担任国际旋毛虫病委员会委员、卫生部寄生虫病专家咨询委员会委员、《河南预防医学杂志》副主编、河南省预防医学会副会长兼秘书长等职。负责河南省传染性疾病及突发公共卫生事件的预防控制和科学研究工作，主要主持有河南省科技攻关项目旋毛虫病免疫预防研究、自然科学基础研究基金我国不同地理株旋毛虫的基因型分析及种型鉴定的研究、河南省创新人才工程项目旋毛虫分子生物学研究、卫生部防治项目基本消灭丝虫病后监测工作的实施、改进与评价、残存微丝蚴阳性者传播作用的研究、全球基金疟疾防治项目等课题。在旋毛虫虫种鉴定研究上获得突破在国内首次发现了乡土旋毛虫。

获得荣誉
1993年荣获卫生部防疫司“全国寄生虫病防治先进工作者”称号。

1997年被选拔为“河南省跨世纪学术和技术带头人”。

1999年被省委组织部选拔为“河南省优秀专家”。

在2003年抗击非典中，为我省非典的正确处置与有效控制做出了突出贡献，被河南省委和省人民政府授予“抗击非典英模”称号。

论著情况
发表学术论文40余篇，主持或参于编写专著5部，译著1部，获得省级或厅级科技进步奖7项。


陈唯军
　　1972年11月出生，1995年毕业于武汉大学病毒及分子生物学系、获学士学位，2002年于军事医学科学院五所获硕士学位，2004年任职于中国科学院北京基因组研究所副研究员，应用医学基因组研究室主任，，国家和北京市生物安全应急网络实验室主任，主要从事病原微生物的基因组学及生物安全检测新技术研究在登革热病毒、禽流感病毒和SARS-CoV的研究中做出重要成果。先后参与国家“863”，欧盟FP6合作项目，军队科技攻关等项目。在国内外刊物上发表论文30多篇，其中12篇被SCI收录。获授权专利1项。先后荣获军队科技进步奖，北京市科技进步奖，首都防治非典先进个人等奖励。