Nature，Science两项新技术解析癌症

上周出版的Nature和Science杂志都公布了一项最新的癌症研究新成果，而这两项成果都采用了这一领域中的两项新技术，那么这两项技术到底是什么呢，让我们仔细往下看……

　　

生物通报道：上周出版的Nature和Science杂志都公布了一项最新的癌症研究新成果，而这两项成果都采用了这一领域中倍受关注的两项新技术，那么这两项技术到底是什么呢，让我们仔细往下看。

来自费城儿童医院，宾州大学医学院等处的研究人员通过全基因组关联研究表明，在LMO1位点内的单核苷酸变异体与一种儿童期交感神经系统癌症的遗传性易感性相关。

这种全基因组关联研究（Genome-Wide Association Studies，GWAS）是指通过对大规模的群体DNA样本进行全基因组高密度遗传标记（如SNP或CNV等）分型，从而寻找与复杂疾病相关的遗传因素的研究方法。近年来这一研究技术发展迅速，获得了许多不凡的成果。

儿童期交感神经系统癌症：成神经细胞瘤是儿童最常见的恶性肿瘤之一，占儿童肿瘤的10%，位居儿童恶性肿瘤第3位。这种仅次于白血病和原发性颅内肿瘤发病高峰为2岁左右，5岁内发病者占90%。

研究人员发现LMO1编码一种以前与癌症联系在一起的转录调控因子。同一位点上的获得性结构变异在成神经细胞瘤患者中普遍存在，说明通过GWAS方式识别出的位点也许容易受体细胞改变(somatic alteration)的影响，所以可以用来识别潜在治疗目标和/或癌症攻击性的生物标记。

在另外一篇文章中，来自麻省总医院癌症中心，螺旋生物科学（Helicos BioSciences）公司等处的研究人员发现一些有着高度重复性的DNA（卫星DNA(satelliteDNA)）转录得到的非编码RNA能用于标记癌症，这为探索癌症的生物标记物提供了新的参考。这一研究成果公布在Science杂志上。

研究人员采用了一种新型数据基因表达分析方法，发现这种非编码RNA在小鼠和人的肿瘤中有着惊人的高度表达：在胰腺导管腺癌(Pancreatic ductal adenocarcinoma)中的表达量要比在正常组织中高出大约40倍，在小鼠的结肠和肺肿瘤中的表达也有所增加。在人类胰腺肿瘤中的表达水平要比在健康胰腺组织中高大约21倍。

而且研究人员还发现这种卫星DNA的转录产物在人的肺癌、肾癌、卵巢癌和前列腺癌中的表达水平有所增加，这表明这种非编码RNA的过度表达是几种不同类型上皮癌的一个关键特征。研究人员认为这种非编码RNA的过度表达可以作为探查癌症的一种有用的生物标记。

（生物通：万纹）

原文摘要：

Integrative genomics identifies LMO1 as a neuroblastoma oncogene

Neuroblastoma is a childhood cancer of the sympathetic nervous system that accounts for approximately 10% of all paediatric oncology deaths1, 2. To identify genetic risk factors for neuroblastoma, we performed a genome-wide association study (GWAS) on 2,251 patients and 6,097 control subjects of European ancestry from four case series. Here we report a significant association within LIM domain only 1 (LMO1) at 11p15.4 (rs110419, combined P = 5.2 × 10−16, odds ratio of risk allele = 1.34 (95% confidence interval 1.25–1.44)). The signal was enriched in the subset of patients with the most aggressive form of the disease. LMO1 encodes a cysteine-rich transcriptional regulator, and its paralogues (LMO2, LMO3 and LMO4) have each been previously implicated in cancer. In parallel, we analysed genome-wide DNA copy number alterations in 701 primary tumours. We found that the LMO1 locus was aberrant in 12.4% through a duplication event, and that this event was associated with more advanced disease (P < 0.0001) and survival (P = 0.041). The germline single nucleotide polymorphism (SNP) risk alleles and somatic copy number gains were associated with increased LMO1 expression in neuroblastoma cell lines and primary tumours, consistent with a gain-of-function role in tumorigenesis. Short hairpin RNA (shRNA)-mediated depletion of LMO1 inhibited growth of neuroblastoma cells with high LMO1 expression, whereas forced expression of LMO1 in neuroblastoma cells with low LMO1 expression enhanced proliferation. These data show that common polymorphisms at the LMO1 locus are strongly associated with susceptibility to developing neuroblastoma, but also may influence the likelihood of further somatic alterations at this locus, leading to malignant progression.