深度测序助力高分辨率的HLA基因分型

　　

在最近的一项研究中，罗氏分子系统研究人员利用454的Genome Sequencer FLX系统对HLA I类和II类基因进行了超深度的扩增子测序，并利用Conexio Genomics开发的软件成功确定了基因型。此项研究结果发表在《Tissue Antigens》杂志上，它对于未来多种人类疾病的治疗及组织移植具有重大意义。

HLA I类和II类基因在适应性免疫反应中扮演了关键的角色。它们编码了负责区分自体细胞、异体细胞及其它抗原的细胞表面蛋白。准确的HLA基因分型对于没有亲缘关系的供体和受体之间的造血干细胞移植很重要，能降低移植排斥和移植物抗宿主病的风险。对于多种人类疾病而言，准确的HLA基因分型也很重要。罗氏分子系统人类遗传学部门主管Henry Erlich表示：“I类和II类基因座上特定的等位基因和单体型是与多种自体免疫疾病及一些癌症密切相关的。在大规模的疾病相关研究中，高分辨率、高通量的HLA分型很有用。”

然而，此区域的基因多态性给准确的分型造成了一定难度。HLA I类和II类分子有几百种不同的等位基因序列。目前的Sanger测序方法不能解决“相位模糊”的问题，即个体在许多位点上是杂合的，彼此非常接近。

Erlich解释道：“在我们的研究中，我们单次运行Genome Sequencer FLX系统，从它所产生的数据中就能成功确定48个不同样品中8个位点的HLA基因型。长的测序读长能够让我们毫不含糊地确认HLA基因型，且比传统放过更快更省钱。我们还能借此检测稀有的变异体。”

本月，454生命科学还将推出最新的GS FLX Titanium试剂盒及软件，从而进一步增加扩增子测序的读长和通量。新的试剂盒将以更少的扩增子更全面地覆盖位点，并增加鉴定稀有变异和单体型的灵敏度，以改善定向重测序研究，如HLA I类和II类基因分型。

上个月，罗氏刚推出了MagNA Pure 96高通量核酸纯化系统，能在一小时之内平行处理最多96个样品。超高通量的LightCycler平台—LightCycler 1536也在几个月前上市。它是基于LightCycler 480平台结构，但使用1536个反应孔的平板。除了通量更高，它的反应体积也缩减到0.5 ul-2 ul。这两个新产品都入围了“2009生命科学十大创新产品评选”活动。（生物通 余亮）