国家自然科学基金重大项目面向国家经济建设、社会可持续发展和科技发展的重大需求，选择具有战略意义的关键科学问题，汇集创新力量，开展多学科综合研究和学科交叉研究，充分发挥导向和带动作用，进一步提升我国基础研究源头创新能力。
国家自然科学基金委员会网站现公布“十一五”期间第二批12个重大项目指南。申请人应当按照项目指南的要求，凝练具有基础性和前瞻性的关键科学问题，组织研究队伍，在规定的期限内通过依托单位提出申请。
“十一五”期间重大项目只受理整体申请，要分别撰写项目申请书和课题申请书，不受理针对某个项目指南的部分研究内容或一个课题的申请。每个项目课题设置不超过5个，每个课题一般由1个单位承担，最多不超过2个，项目承担单位数原则上不多于5个；项目的主持人必须是其中1个课题的负责人；资助强度1000万元，研究期限为4年。
