邓兴旺教授最新《Genome Biology》文章

　　

生物通报道：来自耶鲁大学分子，细胞与发育生物学系的研究人员利用包含2000多个单独转座元件（Transposable element，TE）的芯片进行了15个发育阶段和压迫环境中TE基因相关的转录活性全基因组分析，获得了TE相关基因全面的转录认识，并且也通过系统发生学分析加深了驯化TE基因的辨认。这一研究成果公布在近期的《Genome Biology》期刊（影响因子9.712）上。

领导这一研究的是来自耶鲁大学分子细胞发育生物学系的终身教授邓兴旺，其主要从事分子生物学、遗传学及发育生物学的角度对调控植物光形态建成的有关基因的研究，2000年被聘为北京大学-耶鲁大学植物分子遗传学及农业技术联合研究中心主任及北京大学长江特聘教授。

原文摘要：
Genome Biology 2007, 8:R28 doi:10.1186/gb-2007-8-2-r28
A genome-wide transcriptional activity survey of rice transposable element-related genes
Yuling Jiao and Xing Wang Deng 
[Abstract]

1921年McClintock在玉米中发现了转座效应，之后Shapiro在E.coli中发现了转座因子（transposable element），从而人们接受了“跳跃基因”这一新的概念。在基因组进化过程中，转座因子在许多方面起作用，其中最明显的效应是转座子能够启动重组，最后导致基因组重排：即染色体上有某一转座因子的几份拷贝，于是在同一染色体或不同染色体上有着相同转座因子序列的部位之间发生重组。这种重组的结果可能会缺失若干个有重要功能的基因而出现有害效应，但有时也有产生了有利效应的重组。

近期在对旱稻（Oryza sativa）的全基因组序列分析的基础上，研究人员获得了对这些TE相关基因的转录活性进行全面评价的机会。利用2191个独立TE相关水稻基因芯片——无交叉杂交（cross-hybridization）的寡核苷酸探针，研究人员针对15个不同的发育阶段和压迫条件进行了TE相关基因转录活性的全基因组分析。

从中他们发现，虽然在I类和II类TE相关基因超家族中都检测到了代表性转录子，但是TE相关基因比较于非TE相关基因，转录活性低了许多，其中转录活性最强的是MULE和CACTA超家族。同时系统发生学分析表明驯养后TE相关基因活性转录进化分支，而且通过组蛋白和DNA下修饰的染色质水平调控，以及启动子模写顺式元件的富集都会一项TE相关基因的转录活性。
（生物通：张迪 责编：王蕾）

附：
邓兴旺教授

个人简历： 
1978年-1982年： 获北京大学生物学学士学位 
1982年-1985年： 获北京大学生物学硕士学位 
1985年-1989年： 获美国加利福尼亚大学伯克利分校博士学位 
1989年-1991年： 博士后课题－在美国耶鲁大学分子细胞发育生物学系研究拟南芥光形态建成的分子遗传学分析以及燕麦光敏色素A（phy A）基因的核蛋白与启动子相互作用的活体DNase指纹分析 
1992年-1995年： 任美国耶鲁大学生物学系副教授 
1995年-1999年： 任美国耶鲁大学分子细胞发育生物学系副教授 
1999年-2001年： 任美国耶鲁大学分子细胞发育生物学系终身副教授 
2000年- 今 ： 任北京大学-耶鲁大学植物分子遗传学及农业技术联合研究中心主任及北京大学长江特聘教授 
2001年- 今 ： 任美国耶鲁大学分子细胞发育生物学系终身正教授 

邓兴旺博士毕业于北京大学生物学系，1989年于美国加州大学伯克利分校获得博士学位。邓兴旺长期从事植物生理学研究，特别是植物的光形态建成方面的研究。他从分子生物学、遗传学及发育生物学的角度对调控植物光形态建成的有关基因进行了深入的研究，他领导的科研小组所取得的成果处于世界领先的水平，他作为通讯作者的文章多次发表在“Cell”、“Plant Cell”，“EMBO J.”等世界一流刊物上。 

邓博士与北京大学共建的“植物功能基因研究中心”将有助于提高中国的科研单位在国际上的声望，也将有助于提高我国植物学方面的科研人员的研究水平，因为此中心建好后将对国内外的有关人员开放。邓博士还计划为北京大学生命科学学院的本科生开设“发育的生化及分子生物学基础”一课，向同学们讲授发育生物学方面的基础知识和最新进展。邓兴旺博士具有扎实的植物生理、发育及分子生物学基础，他现已是美国耶鲁大学的副教授并主持一个实验室，由于他在学术方面的突出成绩，他于1995年获得了美国的“总统青年教师奖”(President Faculty Fellow Award)，这样的殊荣在美国的华人中是不多的。 

研究方向 1.拟南芥植物光形态建成机制 
2.植物基因组学研究 
3.植物蛋白组学研究 


发表论文目录 1. Kang, D.M., Wang, X.P., Cao, K.M., Sun, C.R., Deng, X.W., and Wei, N. (2000). Functional conservation of COP9 signalosome among diverse organisms revealed by expressing heterologous subunit genes in Arabidopsis. Plant Journal, 23: 597-608. 
2. Ma, L.G., Li, J.M., Qu, L-J., Chen, Z.L., Zhao, H.Y., and Deng, X.W. (2001). Light control of Arabidopsis development entails co-ordinated regulation of genome expression and cellular pathways. Plant Cell, 13:2589-2607. 
3. Okamoto, H., Qu, L-J., Deng, X.W. (2001). EID1, aids the fine-tuning of phytochrome A signal transduction in Arabidopsis? Plant Cell, 13: 1983-1986. (review). 
4. Ma, L.G., Gao, Y., Qu, L-J., Chen, Z.L., Li, J.M., Zhao, H.Y., and Deng, X.W. (2002). Genomic evidence for COP1 as repressor of light regulated gene expression and development in Arabidopsis. Plant Cell, 14: 2383-2398. 
5. Ma, L.G., Zhao, H.Y., and Deng, X.W. (2003) Analysis of the mutational effects of the COP/DET/FUS loci on genome expression profiles reveals their overlapping yet not identical roles in regulating Arabidopsis seedling development. Development, 130: 969-981. 
6. Jiao Y, Yang H, Ma L, Sun N, Yu H, Liu T, Gao Y, Gu H, Chen Z, Wada M, Gerstein M, Zhao H, Qu L-J, Deng, X.W. (2003). A genome wide analysis of blue light regulation of Arabidopsis transcription factor gene expression during seedling development. Plant Physiol., 133(4): 1480-1493. 
7. Gao Y., Li J.M, Strickland E., Hua S.J., Zhao H.Y., Chen Z.L., Qu L.-J. and Deng X.W., 2004, An Arabidopsis promoter microarray and its initial usage in the 2 identification of HY5 binding targets in vitro. Plant Molecular Biology, 54(5): 683-699. 

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