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许多微生物的基因组序列都编码一些假定的生物合成基因簇,但是相对应的天然产物却一直没有确定出来。最新一期的Chemistry & Biology杂志的封面图片则呈现了一种分离和描述这些“孤儿”基因簇产物的一种全新方法。
生物通报道:许多微生物的基因组序列都编码一些假定的生物合成基因簇,但是相对应的天然产物却一直没有确定出来。最新一期的Chemistry & Biology杂志的封面图片则呈现了一种分离和描述这些“孤儿”基因簇产物的一种全新方法。
这张图片的背景是植物根上假单胞菌荧光Pf-5细胞显微照片,DsRed荧光蛋白将植物根可视化。这种假单胞菌荧光Pf-5细胞还能够在纯培养物中生长,并且它的完整基因组已经知道。
通过生物信息学方法,研究人员推测出一个基因组中的 “孤儿”基因簇编码一种lipopeptide产物,以确定出对应的天然产物的前体,而该天然产物则被氮15和fed所标记。
顺次,这种同位素标记能够利用核磁共振仪观察到,进而知道分离和最终新lipopeptide的结构确定。研究人员将这种lipopeptide给了俗名——orfamide A。
这篇文章的作者是美国加州大学、俄勒冈大学等高校的研究人员,文章的通讯作者是Joyce E. Loper。(生物通杨遥)
延伸阅读:
Chemistry and Biology, Vol 14, 53-63, January 2007
Article
The Genomisotopic Approach: A Systematic Method to Isolate Products of Orphan Biosynthetic Gene Clusters
Harald Gross,1,2 Virginia O. Stockwell,3 Marcella D. Henkels,4 Brian Nowak-Thompson,5 Joyce E. Loper,4, and William H. Gerwick1,2,
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