《自然方法学》：序列捕捉新方法

　　

生物通报道：来自贝勒医学院（Baylor College of Medicine）和罗氏属下的Nimblegen公司的研究人员报道了一种高效，低成本的捕捉基因组靶定区域的新方法，这种新方法基于454高通量测序NimbleChip(TM)芯片技术，被称为“序列捕捉法（sequence capture）”，能快速精确的捕捉成百上千筛选的基因组区域，无论这些区域是相邻的还是分散的，比如基因组或所有基因，或外显子的片段。这一研究成果公布在《Nature Methods》杂志上。

基因序列或者目标基因组区域是检测不同人类复杂疾病，譬如癌症，哮喘和心脏疾病等的相关突变的一个重要方面，目前重测序特异基因组区域的筛选的主要方法是对特异DNA片段的PCR扩增方法，但是PCR受限于扩增序列的长度，很难用于数量大，片段长的复杂基因组区域，并且在像是人类这样的复杂基因组中，由于存在重复区域，PCR方法也存在局限性。

而序列捕捉芯片技术在下一代DNA测序技术和目前样品分离方法之间搭起了一座桥梁，为基因组目标区域的筛选富集提供了适合的，重要的平行方法。Roche的这种NimbleGen序列捕捉技术是以这一方法为基础，能利用一个简单的芯片杂交过程进行许多特异性基因或位点的高效筛选。贝勒医学院的此次研究成果就是利用了Roche的Genome Sequencer FLX(TM)系统，快速有效的对下游分析的富集基因组区域进行了测序，这也表明454测序方法在这种靶标序列测定方面具有一定的优势——由于其在长片段和高精确度阅读方面的优势。

贝勒人类基因组测序中心（Baylor’s Human Genome Sequencing Center，HGSC）的Richard Gibbs教授表示，“这种新技术将会在许多方面取代PCR方法”，“如果目标是为每个人进行全基因组测序的话，那么这一方法就是这一方面的一大进步。”

《Nature Methods》出版的这篇文章证明了序列步骤过程是一种相对于复合PCR方法更简单，更精确，更有效和成本较低的方法，在他们的一项实验中，研究人员富集并分析6700多个外显子，以及长达五百万碱基的相邻基因组区域，利用传统的方法完成这一工作量至少需要6个月！

NimbleGen负责人Stan Rose博士表示，“我们很荣幸有机会与HGSC的科学家们合作进行这一突破性技术的开发”，“将Roche的两项技术：NimbleGEn和454联合起来，这对于DNA测序分析市场来说意义重大”。
（生物通：张迪）

原文摘要：
Published online: 14 October 2007; Corrected online: 21 October 2007 | doi:10.1038/nmeth1111
Direct selection of human genomic loci by microarray hybridization
『Abstract』

罗氏2亿7千万收购NimbleGen

来自纽约6月19日的消息，罗氏Roche计划以272,500,000美元的价格收购NimbleGen Systems。
罗氏诊断总裁Severin Schwan表示，NimbleGen的芯片技术能补充罗氏现有的基因组研究队伍，此次收购是罗氏在基因组研究市场上打下基础重要策略之一。此次收购计划将NimbleGen纳入罗氏应用科学部。

NimbleGen Systems公司是一家以美国威斯康星为基地的生物技术公司，今年3月在美国证券交易委员会（US Securities and Exchange Commission）首次公开发行股票（ initial public offering，IPO），但未注明确定的日期和开放股票价格（opening share price）。

NimbleGen主要提供了基因组杂交，染色质免疫共沉芯片，比较基因组测序，以及表达分析。罗氏认为NimbleGen的芯片系统“对于罗氏的创新性基因组研究工具平台，比如LightCycler qPCR系统，以及近期从454生命科技公司获得的高通量测序系统，具有极高的配合性，能很好的相互补充。”

同时罗氏也表示NimbleGen计划“在近期内”，扩展高级基因组分析所需要的更高密度芯片，整合仪器系统，以及相关试剂和耗材的产品线。2006年NimbleGen在芯片销售方面的收入与2005年相比，增加了43%，从950万美元增加到了1350万美元。

NimbleGen去年11月从Affymetrix获得了核酸芯片技术的专利许可，1月又与Oxford Gene Technology签署了一份有关寡核苷酸芯片IP的专利协议。

NimbleGen的总裁Stan Rose认为，借助于罗氏的国际化销售及分销网络，“将可以加速和拓宽我们高密度的DNA芯片销售”，并且他也表示这一合并也将加强这两家公司“有关靶向DNA测序的新技术”。

罗氏同时也表示将保留NimbleGen的140名员工，以及其位于威斯康星的工厂，预计这一收购将于三季度完成。

另外，一项新的报道引述罗氏一发言人的话，表示罗氏虽然目前没有进一步的管线计划，但将继续关注基因组研究工具公司。“研究组研究工具是未来任何一个药物研究机构的重点”，“这些工具将有助于我们加深对于疾病以及易患因子的遗传因素的了解，也将有助于识别潜在的药物靶标，因此具有极大的潜力。”