反常道的基因组测序计划——寻找不存在的基因

　　

生物通报道：基因组中是否有被禁止的序列，是否有对有机体有害的序列？与大多数寻找种内或种间保守基因的基因组测序计划不同，一支研究小组突发奇想，开始寻找“primes”——对有机体有致命作用、在基因组中不存在的DNA序列或者氨基酸链。

 “这如同海底捞针，而且这针还不一定存在，”爱达荷Boise州立大学遗传学教授Greg Hampikian说，“一定有一些不适合生命的DNA/蛋白序列，比如它们会与重要的细胞成分结合，才被淘汰掉。也许还存在一些对某些物种有致命作用但对其它物种没有致命作用的DNA/蛋白序列。”

Hampikian 与其同事 Tim Anderson合作，研制出一种可以计算出给定长度的所有可能的核苷序列的软件，然后扫描美国Health's Genbank数据库，鉴别出并不存在的最小序列。Hampikian将在某些物种不存在而在另外一些物种中存在的序列被命名为“nullomers”，在所有物种中都不存在的序列被命名为“primes”。

Hampikian小组特意寻找最短小的并不存在的序列，以便减小误差。目前，他们已经找到在人类中没有出现过的86个11bp的序列，还鉴别出任何物种都不存在的60，000多个15bp的primes和746个5bp的 “peptoprime”。 Hampikian希望这些数字能够缩小，以便向数据库添加更多的序列信息，研究结果公布于上周在夏威夷举办的Pacific Symposium on Biocomputing上。

这些序列在生物学中有何意义还不清楚，研究人员打算在细菌和人体细胞中检测20个peptoprimes，观察它们是否会引起细胞死亡或激发免疫反应。

Hampikian相信他们的工作的应用性很广，他已经从美国国防部收到1百万美元资助用于发展DNA“安全标签”，这种标签在犯罪案件调查中能够鉴别出罪犯DNA样本。这些标签不一定包含致死序列，但可以在primes的基础上，利用简单的试剂盒轻松检测。

Hampikian希望构建出“自杀基因”，编码致死性氨基酸序列primes，将之应用于遗传修饰的生命中，如日后发现其危险倾向能够主动将其破坏。（生物通记者 小粥）