贺福初院士最新《Proteomics》文章

　　

生物通报道：蛋白概率（protein probabilities）计算是大型蛋白质组学研究中最难处理的问题之一，而且至今未有一种有效的方法可以进行大型数据分析方法的比较（comparative evaluation），来自军事医学科学院放射医学研究所等处的研究人员发展了一种半随机样品模式（semi-random sampling model）来比较大型蛋白质组学数据分析方法，为蛋白质组研究提供了重要的方法学成果。这一研究成果公布在《Proteomics》杂志上。

文章的通讯作者为军事医学科学院贺福初院士，第一作者为薛小方（Xiaofang Xue，音译）。

原文摘要：
Proteomics. 2006 Nov 28;6(23):6134-6145
Protein probabilities in shotgun proteomics: Evaluating different estimation methods using a semi-random sampling model
[Abstract]

蛋白是基因的表达产物，是生物功能的主要体现者，具有自身的变化规律，仅从基因方面研究是不能全面认识和理解生物功能的。因此90年代中期产生了一门新兴学科——蛋白质组学。它以蛋白质组为研究对象，在整体水平上研究细胞内全部蛋白质的组成及其活动规律。蛋白质组学强调的是针对蛋白质的一个整体思路，从整体的角度看，大致可分为两种类型：一种是针对细胞或组织的全部蛋白质；而另一种是以与一个特定的生物学机制或机制相关的全部蛋白质为着眼点。

无论是哪一种研究类型都需要大量的数据分析，然而目前大型蛋白组学研究中的一大难点就是数据分析，其中蛋白概率的计算更是令许多科学家头疼。现今已有的方法包括ProteinProphet、PROT_PROBE、波松模式（Poisson model）和双肽采样（two-peptide hits），利用不同方法也许可以解决蛋白概率计算难题。但是至今仍然没有一种有效的方法可以对以上这些方法进行比较评价。

针对这一问题，军事医学科学院的研究人员在这篇文章中提出了一种半随机样品模式（semi-random sampling model），在这种模式中，从目的蛋白样品中识别出的多肽和它们的交叉相关性系数（cross-correlation score）将通过反向数据搜索（reverse database searching）结果进行模拟，其中18个对照蛋白的模拟结果与实验组一致，证明了这一模式的有效性。

并且在对人类肝脏样品进行模拟结果的比较中，研究人员发现ProteinProphet的结果有较高的概率，较低的特异性，而PROT_PROBE则是一种较高效率的方法，可以获得高特异性的结果。从波松模式（ Poisson model）得出的预测结果与真实数据组基本一致，而双肽采样（ two-peptide hits）法看起来可靠，但是并不严密。当然目的蛋白的概率也是与包括光谱数（spectra number），数据大小以及蛋白丰度分步（protein abundance distribution）等的实验因素密切相关的。
（生物通：张迪）

附：
中国科学院院士、细胞生物学家贺福初研究员

Prof. He Fuchu, cell biologist, academician of CAS


贺福初，中国科学院院士，专业技术三级，专业技术少将军衔。

1962年5月出生湖南安乡，1982年 9月毕业于复旦大学。历任军事医学科学院实习研究员、助理研究员、副研究员、研究员、副所长、所长。博士生导师。2001年12月当选为中国科学院院士。

现任国家科技奖励委员会医药卫生专业组成员、国家自然科学院基金委细胞生物学学科评审组组长、国家新药评审组成员、中国遗传学会常务理事、中华医学会理事、中国细胞生物学会理事、中国遗传资源管理委员会专家组成员、全军医学科学技术委员会常委、国际人类蛋白质组组织理事、国际人类肝脏蛋白质组计划执行主席、《Proteomics》副主编。

近年来，负责国家“九五”攻关课题、国家973课题、863课题、国家杰出青年科学基金、国家自然科学基金重大、重点及面上课题等30余项，获得科研经费逾亿元；获得国家科技进步二等奖2项(署名第一)、获军队科技进步一等奖1项（署名第一）、二等奖7项、北京市科技进步一等奖1项（署名第一）。申请中国发明专利10项，获得美国发明专利1项、中国发明专利2项。主编专著4部、参编专著4部。发表各类论著240余篇，其中SCI刊物40余篇、核心刊物20余篇，被SCI引用100余次。

先后进入全国百千万工程一、二层次人选，获得“中国青年科技奖”、“第三届中国生理学会张锡钧奖”最高奖、“国家杰出青年科学基金”、“中国青年科学家提名奖”和“全国求是杰出青年实用工程奖”。被授予“国家首届中青年医学科技之星”、“中国首届青年科技标兵”、“国家有突出贡献的中青年专家”、“全军学雷锋标兵”、“总后科技金星”、“总后十大杰出青年”和“首届总后学习成才标兵”等荣誉称号，2002年授予中国“五四”青年奖章并获得中国青年科学家奖。
主编《生物信息学——方法与实践》、《造血调控》、《蛋白质组学的理论与技术》、《严重急性呼吸系统综合征（sars）》等

参编《生命的岁月与梦幻》、《基因组科学与人类疾病》、《蛋白质分子结构》、《医学分子生物学》