Nature新闻:想提取古DNA就不要洗刷化石

【字体: 时间:2007年01月10日 来源:生物通

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  生物通报道:冲洗、擦光和上漆……所有现在大多数化石挖掘人员和博物馆管理人员使用的标准保护措施都会很大程度上减小提取古DNA的机会。1月8日《PNAS》一篇文章中,巴黎Jacques Monod研究所Eva-Maria Geigl与其同事总结了保存措施的重要性,建议挖掘者应该对样本连所带的泥土一起冻存。

  

生物通报道:冲洗、擦光和上漆……所有现在大多数化石挖掘人员和博物馆管理人员使用的标准保护措施都会很大程度上减小提取古DNA的机会。1月8日《PNAS》一篇文章中,巴黎Jacques Monod研究所Eva-Maria Geigl与其同事总结了保存措施的重要性,建议挖掘者应该对样本连所带的泥土一起冻存。

Geigl等观察来自于3200年前的欧洲野牛(已灭绝)骨化石。这具化石在1947年和2004年被两次开采,1947年开采的保存在博物馆中,2004年开采的在经过消过毒后保存在-20 ºC。
研究小组从1947年开采的骨中提取DNA,都失败了,但新挖掘的样本都会产生DNA。鉴于这些骨经过了相同的年代和相同的(地质)条件,Geigl将两批样本提取结果的差异归咎于保存方法。“57年中降解的DNA几乎同3200年前降解的一样多。”

许多研究人员单纯依赖于化石的形状,保存化石的方法很少考虑到保护DNA。最大的问题是对化石进行清理。化石经常被放在一起冲刷,水和一些污染物(现代DNA)会渗入到多孔的骨中。“不仅是目的DNA被冲刷出来,而且是污染物被冲刷进去。”

加拿大McMaster大学进化遗传学家Hendrik Poinar认为,许多古DNA专家早已知道这些问题,只是改善的保存策略并没有在化石的发现者当中推广。Max Planck研究所palaeogeneticist Svante Pääbo说得到DNA保存完好的化石,需要实验为基础的遗传学家和开采人员之间的很好合作,但这种情况很少出现。Pääbo小组在对穴居人DNA进行测序时,经常面对这些问题。“当你想研究古人和穴居人遗物时,最大的问题是污染了当代人类的DNA。”Pääbo说,这不意味所有的博物馆藏样本都发生了致命的变化,他所测序的部分穴居人化石样本就经过传统的博物馆藏处理,但是他迫切希望所有保存的化石样本都按照Geigl的方法处理。

Geigl本人认为实验室人员与野外人员之间的合作,合理的保存化石能够得到更多的发现。
许多人类文明出现在温度适宜的地区,DNA在温和环境中不能被很好的保存,化石在被洗刷和处理的过程中很容易破坏。大多数古DNA研究的样本都来源于永久冻结带(如猛犸),或冰冷的洞穴中(如洞熊和穴居人)。
好的保存方法,以及新鲜化石,可以促进DNA提取,有助于人类进化研究。(生物通记者 小粥)

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