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著名社论:科技文献还能走多远?
【字体: 大 中 小 】 时间:2006年09月08日 来源:生物通
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尽管科学研究文献是科学交流的基本手段,但是现代实验研究成果经常不能再用科学手稿的形式发表出来了。例如,基因组规模水平上的研究和高通量实验带来的庞大数据量已经给现有的文献发表框架带来了巨大压力;同时,一些单独的发现和一些阴性的结果很少能在文献中有所报道。因此,显然使用具有检索、标注和升级能力的数据电子保存形式成了科学研究的迫切需要。数据库已经成了基因组和蛋白结构研究的信息存取的主要形式。
生物通报道:尽管科学研究文献是科学交流的基本手段,但是现代实验研究成果经常不能再用科学手稿的形式发表出来了。例如,基因组规模水平上的研究和高通量实验带来的庞大数据量已经给现有的文献发表框架带来了巨大压力;同时,一些单独的发现和一些阴性的结果很少能在文献中有所报道。因此,显然使用具有检索、标注和升级能力的数据电子保存形式成了科学研究的迫切需要。数据库已经成了基因组和蛋白结构研究的信息存取的主要形式。
文献形式的缺点已经悄悄地为其他形式的交流方式所修补。读者首先通过PubMed摘要、会议演讲和在线数据大概浏览文献的内容。
科学信息以多层架构的方式交流,并且许多种其他交流渠道已经使得科学手稿的形式成为一种选择的方式,甚至被荒废。举个例子,那些寻找权威的高水平科学知识的人们可以通过访问NCBI Bookshelf(一个可以检索教科书的电子文档主页,相关的引用直接与PubMed的摘要链接)获得;一个寻找基因组数据或者生物信息学软件的科学家只需要利用在线的数据库或者实验室的网站就可以轻松获得所要寻找的东西。通常期刊、同行评审的科学知识刊物几乎是获得信息来源的最后参考途径。
这些都说明了非传统的科学交流方法的重要性;总之,期刊文章是科学家获得认可的主要形式。但是期刊必须不能只以纸质的形式存在。期刊的编辑应该要求数据的在线积累作为一种出版的必要条件,并加强生物学的统一命名法。除了传统的手稿形式,作者们应该递交文章的组织方式和适用于电脑分析的结果分项,一个能总结研究工作的PowerPoint幻灯片。这样的科学信息的整个主体将会被同行评审,并且大规模印刷。
这种出版业的改革将会把刊物的范围扩大到其他科学内容的层面上。下一步要做的就是巩固单个可检索源的所有层面。我们设想能建立一个集中的电子检索工具可以检索所有的生物医学信息,就好像PubMed用一种组织的方式检索期刊的摘要一样,我们建议将广泛的材料便目录,这将使得用户能够只需要通过一个入口,运行PubMed式的查询工具就能查询文献的摘要、文献全文、数据集、和演讲的能力。
当然,这种设想的目标在一定程度上模仿了像NCBI的 Entrez等现有的检索工具。但主要的区别在于NCBI的方法是集成的:尝试将所有的科学信息收集和储存在一个地方,这是不现实的,并大可不必。
我们还必须认识到多种学术声音将会推动世界范围内科学的进步。资料整合背后的驱动力量不应该只来源于单个美国研究团体,而应该是刊物带来各团队的合作努力。
这种中心检索工具通过对不同的资料来源进行编目和相互关联增加自身的价值。举个例子,一个数据集不仅与同类的文献有关联,并且也与这些数据的早期版本、有关的新闻报道、综述和作者的相关谈话有关联。研究团体对这些资料的注解和讨论将为同行评论增加另外的尺度,并且感兴趣的团队可以获取符合他们需要的信息。
科学资料的电子存取的未来修补了学术出版的不足,保证了有效数据库的积累。今天,相当多的资源只以精简的资料发行在期刊中。实现文中设想的检索系统的成本将耗资巨大,但不久将能通过自身实现回报。学术刊物要不就多样化,要不就死亡。
(生物通:亚历)