浙江大学等《自然》子刊文章

　　

生物通报道：来自美食品药物管理局（US Food and Drug Administration，FDA）国家毒物学研究中心（National Center for Toxicological Research），浙江大学药物信息学研究所，联合安捷伦科技公司（Agilent Technologies），GE通用电气医疗集团（GE Healthcare），Z-Tech有限公司，昂飞公司（Affymetrix, Inc.），以及Applied Biosystems（ABI）等处的研究人员外源RNA对照（external RNA controls，ERC）行为和效用进行了多平台的评估，为更好的描述未来多平台分析性能（assay performance）评估中ERC的使用提供了一个基础。这一研究成果公布在《Nature》杂志子刊《Nature-Biotechnology》上。

参予这一研究的浙江大学代表是药物信息学研究所的范骁辉（Xiaohui Fan）研究员，领导这一实验的是来自FDA的石乐明（Leming Shi，音译，毕业于湖南大学，中国科技大学获得硕士学位，中科院化学所获得博士学位，简介见下一页），并且在同期《Nature-Biotechnology》的MAQC专题中，另外两篇由他领导完成的实验结果也围绕这一方面展开了描述，其中有关MicroArray Quality Control (MAQC)项目的研究文章值得一看，涉及到的参予单位达51所，是一项国际化的研究进展。

链接：
Nature Biotechnology - 24, 1132 - 1139 (2006) 
Published online: 9 August 2006; | doi:10.1038/nbt1237 
Evaluation of external RNA controls for the assessment of microarray performance
[Abstract]

Nature Biotechnology - 24, 1151 - 1161 (2006) 
Published online: 8 September 2006; | doi:10.1038/nbt1239 
The MicroArray Quality Control (MAQC) project shows inter- and intraplatform reproducibility of gene expression measurements
[Abstract]

Nature Biotechnology - 24, 1162 - 1169 (2006) 
Published online: 8 September 2006; | doi:10.1038/nbt1238 
Rat toxicogenomic study reveals analytical consistency across microarray platforms
[Abstract]

在过去的十年里，芯片技术已经在基因表达研究中起到了举足轻重的作用，带来了深广的影响。但是随着利用不同芯片平台获得相异甚至大相径庭的结果逐渐增多，许多人产生了对这一技术可靠性的质疑争论。芯片质量控制（MicroArray Quality Control，MAQC）计划因而得以诞生，作为一个标准将对相关数据分析和争论进行评定。

外源RNA对照（External RNA controls，ERCs)是MAQC的一个重要部分，对于芯片分析性能测评也是非常重要的一个指标，但是在各研究团体中并未能得到充分利用。在这一研究报告中，研究人员对两类ERCs进行了评估：其中一类在样品扩增和标记之间加入到总RNA中，另外一类怎是在杂交之前加入到copyRNAs (cRNAs)中，通过多商业芯片平台（multiple commercial microarray platforms获得了ERC浓度反应曲线（concentration-response curves），辨认出在分析过程中出现问题的分析以及潜在的变量来源，除此之外研究人员也对不同的ERC类型的行为进行了检测。这些ERC评估将为未来的多平台分析性能评估中ERC的更好使用提供了一个基础。
（生物通：张迪）

附：

Dr. Leming Shi

CURRENT EMPLOYMENT

Computational Chemist, NCTR/FDA, April 2003 – Present
Responsibilities: Microarray quality control, chemoinformatics, bioinformatics, and systems toxicology

EDUCATION
· Ph.D. in Computational Chemistry (1991), Chinese Academy of Sciences, Beijing, China. 
· M.Sc. in Computational Chemistry and Chemometrics (1988), University of Science and Technology of China, Hefei, China.
· B.Sc. in Analytical Chemistry (1985), Hunan University, Changsha, China.

EMPLOYMENT HISTORY
· Chipscreen Biosciences, Ltd., Shenzhen, China. Co-founder and Director of Informatics (5/2001-4/2003). 
· BASF Corp, Princeton, New Jersey. Senior Scientist (7/2000-5/2001). 
· American Home Products Corp. (now Wyeth), Princeton, New Jersey. Senior Research Chemist (8/1999-6/2000).
· R.O.W. Sciences, Inc. at the NCTR/FDA, Jefferson, Arkansas. Computational Chemist (12/1997-8/1999).
· National Cancer Institute, NIH, Bethesda, Maryland. Visiting Fellow (9/1995-12/1997).
· Case Western Reserve University, Department of Chemistry, Cleveland, Ohio. Research Associate (8/1994-9/1995).
· Chinese Academy of Sciences, Institute of Process Engineering, Beijing, China. Assistant and Associate Research Professor (7/1991-8/1994).