斯坦福大学新型技术：研究基因调节网络

生物通报道：斯坦福大学研究人员Su-In Lee等利用一种叫做Geronemo的方法，直接寻找遗传改变影响调节网络的机制。文章刊登于2006年9月12日PNAS电子版。

　　

生物通报道：基因调节网络包括转录调节（transcriptional regulation）、信号传导（signal transduction）和染色体重塑（chromatin modification）。序列多样性（Sequence polymorphisms）通过影响复杂的基因调节网络（regulatory network）影响基因表达。斯坦福大学研究人员Su-In Lee等利用一种叫做Geronemo的方法，直接寻找遗传改变影响调节网络的机制。文章刊登于2006年9月12日PNAS电子版。

Geronemo自发设计出一系列协同基因（coregulated genes ，生物通编者译）或称modules（模数）。这些模数的改变能够引发基因改变和调节剂的表达。Geronemo通过利用基因序列调节系统的模块性，能够在一些一直被认为是无关的基因之间找到调节相关性（regulatory relationships），有助于发现复杂的基因调节网络机制。Geronemo将基因型调节物和表达调节物结合考虑，为一些没有直接作用于靶标的序列变异性（sequence variation）捕捉到了结果。

研究人员将实验室培养的BY4716 (BY)啤酒酵母（Saccharomyces cerevisiae.）菌株和野生型RM11-1a (RM) 啤酒酵母菌株杂交，得到杂交后代。利用Geronemo分析杂交后代的资料，推测出一系列从未描述过的有关酵母调节网络遗传机制变化的假说。包括转录调节（transcriptional regulation）、信号传导（signal transduction）和染色体重塑（chromatin modification）。研究人员发现，大量的模数具有染色体特征，而且能够被染色体重塑蛋白调节。事实上，表达中的许多发生变化的小片段可以用一小部分与染色体重塑有关的标记来解释。附加的分析显示，Swi/Snf染色体重塑复合体的序列进化（sequence evolution）是正向选择的结果。

研究人员总结认为，酵母进化过程中存在的个体表达差异，一部分原因是小数量染色体结构重塑。（生物通记者 子元）