基因定型：同步检测大量突变基因技术的新突破

　　

生物通报道：最近Dana-Farber癌症研究所、哈佛大学Broad研究所和麻省理工大学研究人员共同研制出一种性价比高的基因定型（genotyping）方法，能够灵敏地检测多种癌症基因中的基因突变谱型。研究人员称，假如能够经过实验检验的话，有望发展为能够及时向患者提供有效治疗手段的新技术。研究结果公布于第一届“Molecular Diagnostics in Cancer Therapeutic Development”（美国癌症研究协会举办）。

这项新技术有助于消除药物研发中的“重大瓶颈”（significant bottleneck），以便能够同时对多种类型癌症遗传学改变（genetic alterations）进行检测。“利用DNA序列检测单一DNA的突变至少需要上千美元，” Garraway博士说：“我们检测整条染色体上的基因不过60美元，并且随着技术不断升级价格还有可能下降。”

这项技术的原理是：利用以高通量质谱为基础的基因定型（High-throughput mass spectrometry-based genotyping），灵敏准确地检测DNA中单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms ，SNPs）。以前此技术主要是用于研究正常个体的基因组中，单一的核苷酸与患病风险的关系，现在研究人员用其寻找基因组中的原癌基因。

实验靶标为能够诱发胃肠道间质瘤（gastrointestinal stromal tumors ，GISTs）的c-kit 酪氨酸激酶（c-kit tyrosine kinase）和与肺癌有关的EGFR 基因突变体。因为以上两种癌症分别能够被Gleevec 和Tarceva手段通过影响相关的原癌基因进行治疗。

实验材料为新鲜的和经过冻存的肿瘤样本。扩增样本的DNA，在17个原癌基因中寻找250种已知的突变位点（包括ras, EGFR, pi3 和 c-kit 激酶家族等）。为了核对基因定型的功能，研究小组检测了代表15种类型肿瘤的1000多个肿瘤样本，然后用传统的DNA序列分析技术或者其它手段对其中一半以上的样本依次进行检测。研究人员发现，两种途径得到的实验结果有92%是相同的，其它8%的原因不是由于质谱本身 ，而在于费时费力的人工DNA序列分析。

Garraway强调，质谱检测法与现在常用的cancer microarray gene expression 检测法不同之处在于，后者依据基因表达而前者直接在基因组中寻找问题基因。（生物通记者 子元）