刘晓乐PNAS最新文章揭示热点技术

　　

生物通报道：来自美国达纳-法伯癌症研究所（Dana–Farber Cancer Institute）生物统计学和计算生物学，医学肿瘤学，以及哈佛公共卫生学院（Harvard School of Public Health）的刘晓乐博士（Xiaole Liu，音译）领导的研究小组提出了ChIP-chip(染色体免疫共沉技术—芯片技术）中一种称之为Model-based Analysis of Tiling-arrays（简称为MAT）的快速有效的algorithm，为通过Affymetrix公司的Tiling arrays进行转录因子染色质免疫共沉分析丰富位点检测提供了可靠的工具。这一研究成果公布在本期（8月15日）美国国家科学院院刊PNAS上。

ChIP-chip（chromatin immunoprecipitation combined with microarray chip hybridization）技术是一种染色质免疫共沉淀技术采用的是与芯片相结合的研究策略，利用了生命科学领域“小科学”与“大科学”研究方法的结合，可以同时进行基因组内成千上万个元件的大规模、高通量的分析需求。

Tiling芯片是Affiymetrix公司推出的一种重要的芯片技术，Tiling也就是嵌合芯片的意思，这是一种非常适合于全基因组分析的针对所有转录本的DNA微阵列。虽然也是Tiling Array与Exon Array同属于寡核苷酸芯片类别，但是两者的目的不同，设计的原理亦不一样：一个是从编码区mRNA序列入手，一个则是从全基因组概念上每隔35个bp设计一段25bp长度的探针。具体见技术文章：站在生物时代尖口 把握芯片技术至高点。

MAT方法通过考虑每个芯片上探针测序和拷贝数模拟了基线探针行为模式（baseline probe behavior），这样可以通过探针模式（probe model）确保probe value标准化，无需样品标准化这一步骤。另外MAT可以用一种新颖功能给ChIP富集区“评分”，得到有价值的P value和false discovery rate计算。

除此之外，MAT还可以从单个ChIP样品，多个ChIP样品，或者带有对照的复合ChIP样品中检测ChIP区域，single-array ChIP 区域检测可以节约时间和成本，也适用于最近出现的adopting ChIP-chip，验证实验室手册和抗体，并且也帮助建立 ChIP-chip实验室，识别可能被污染的数据。具体可见http://chip.dfci.harvard.edu/wli/MAT。
（生物通：张迪）

原文：
Published online before print August 8, 2006, 10.1073/pnas.0601180103 
PNAS | August 15, 2006 | vol. 103 | no. 33 | 12457-12462 
Model-based analysis of tiling-arrays for ChIP-chip 
[Abstract]