两篇文章解析蛋白研究中的生物信息学进展

　　

生物通报道：生物信息学已经成为了生命科学研究中一种重要的存储，检索和分析的学科，是21世纪自然科学的核心领域之一，其研究重点主要就是体现在基因组学和蛋白组学两个方面。近期两篇分别来自Nature Genetics（自然遗传学子刊）和Molecular Cell（分子细胞学）杂志的文章分别报道了生物信息学新方法的应用为蛋白研究做出的贡献（Nature Methods，Michael Eisenstein）。

Systematic identification of human mitochondrial disease genes through integrative genomics
Nature Genetics 38, 576 - 582 (2006)
[Abstract] 

A Wiring of the Human Nucleolus
Molecular Cell, Volume 22, Issue 2, Pages 285-295

来自麻省理工学院和哈佛大学的Broad研究院（Broad Institute of MIT and Harvard）的Sarah Calvo等研究人员主要围绕的是线粒体中的蛋白。研究发现内生性线粒体disorders大部分并不是由于线粒体基因组的突变造成的，而是来自细胞核编码线粒体的蛋白的基因的原因，因此对于这部分基因及其表达蛋白的研究十分有助于相关疾病的研究。研究人员利用了一种先进的生物信息学方法用于鉴定线粒体中的蛋白。

之前的研究方法主要是着眼于与基元相关的标记物方面，而这里采用的是以结构和实验两方面的数据为基础，将八种不同的标记物整合起来，以便获得预测对线粒体定位的可能性的方法。通过这样研究人员验证了几百种已知的线粒体蛋白，同时也辨别出了先前并不为人知的近500种蛋白。

而第二篇文章，来自丹麦技术大学(Technical University of Denmark，DTU）的A. Hinsby等人则针对的是细胞器蛋白质组学研究。这篇文章主要是介绍了一种替代性计算方法：以公开的交互数据为基础，构建了已知的人类核仁蛋白质的整体相互作用系统，然后将每个公认的复合体和那些以几十种蛋白质特征为基础的单元-单元计算分析方法联系起来，以便预测对核仁定位的可能性。这样研究人员预测了核仁内的15个蛋白质复合体，其中有11个属于新发现核仁蛋白。这两项研究正如在Michael Eisenstein的文中提到的“受益于对现有数据系列的精明处理”。
（生物通：张迪）