《细胞》：高含量筛选慢病毒shRNA文库

　　

生物通报道：来自一个由Broad Institute of MIT and Harvard（也是NHGRI测序研究网络的一部分）领头的，包括波士顿Dana-farber癌症研究所、麻省理工学院等几大研究机构组成的研究小组宣布他们获得了一个可以用于病毒高含量筛选（Arrayed Viral High-Content Screen）的人类与鼠科基因慢病毒shRNA库(short hairpin RNA)，为利用RNAi研究致病基因以及正常生物基因功能提供了重要文库资源。这一研究成果公布在3月24日Cell杂志上。

shRNA：即短发夹RNA。在RNAi感染过程中，产生dsRNA的一个有效方法就是在体内表达一个短发夹RNA分子，这种shRNA包含两个短反向重复序列（其中一个与目的基因互补），中间由一个loop序列分隔，组成发夹结构。在体内shRNA可以被加工siRNA降解目的基因抑制表达。 慢病毒(lentivirus)：属于逆转录病毒亚属,是一类非鼠源性逆转录病毒,以人类免疫缺陷病毒(human immunod efficiency virus,HIV)为代表。慢病毒源性载体(lentivirus basedvector,LV)最主要的优点是它能将外源基因整合入非分裂细胞的基因组内,对有丝分裂后神经元转基因治疗提供了一个潜在的传递系统。 高含量影像(High-Content Imaging)分析迅速成为新药开发与生命科学研究领域的主要的依靠。高含量分析可以观察个别细胞内的多种细胞分子，是其它技术无法取代的检测方法。为了能有效成为研发新检测方法的工具，自动化影像处理系统必须能提供各式能力，包括活体细胞动力学及高分辨率共轭焦影像。这些能力并配合多样性的软件，使研究人员以多面的空间与时间来探索细胞内分子互动情形。

小干扰RNA分子(siRNA)已迅速成为一个通过抑制目的基因的表达来研究哺乳动物基因产物功能的强大的工具。目前siRNA的获得包括体外制备和体内表达两种方法，前者包括化学合成，体外转录，用RNase III 消化长片断双链RNA制备siRNA，后者则是利用siRNA表达载体和PCR的表达框架，从转染到细胞的DNA模版中在体内转录得到siRNAs。这种获得siRNA的方法的优点就在于不需要直接操作RNA。利用siRNA表达载体获得siRNA的方法主要是依赖三种RNA聚合酶III 启动子(pol III)中的一种，操纵一段小的发夹RNA(short hairpin RNA, shRNA)在哺乳动物细胞中的表达。同样也可以采用病毒载体，这样就能直接高效率感染细胞进行基因沉默的研究，避免由于质粒转染效率低而带来的种种不便,从而转染效果更加稳定。

这一新开发的shRNA文库包括104,000vectors，靶定22,000个人类和小鼠基因（multiple sequence-verified constructs），同时为了验证这一文库在芯片筛选中的作用，研究人员利用了一种称为高含量影像（high-content imaging）的筛选技术研究了人类癌细胞有丝分裂过程中需要的基因，以及分析了5,000个靶定1,028人类基因的shRNA表达慢病毒，结果辨认了几个已知的和近100个有丝分裂调控子，同时获得了靶定有用基因的multiple shRNAs。这为“loss-of-function”筛选提供了有利的资源，也是RNAi应用研究的进步。（生物通：张迪）

原文：Cell, Vol 124, 1283-1298, 24 March 2006
A Lentiviral RNAi Library for Human and Mouse Genes Applied to an Arrayed Viral High-Content Screen
[Abstract]

链接：

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