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2.0版本IMG已向公众开放
【字体: 大 中 小 】 时间:2006年12月05日 来源:生物通
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生物通报道:日前,美国能源部Joint 基因组研究所(Joint Genome Institute ,DOE JGI)向公众开放了2.0版本的IMG(Integrated Microbial Genomes,综合微生物基因组)数据管理系统。IMG2.0的内容全部更新,并根据最新版本的NCBI参考序列库(Reference Sequence , RefSeq)给出的基因组信息进行增容。
生物通报道:日前,美国能源部Joint 基因组研究所(Joint Genome Institute ,DOE JGI)向公众开放了2.0版本的IMG(Integrated Microbial Genomes,综合微生物基因组)数据管理系统。IMG 2.0的内容全部更新,并根据最新版本的NCBI参考序列库(Reference Sequence , RefSeq)给出的基因组信息进行增容。
IMG2.0的新面貌:
1 增加了1541种新公布的微生物、病毒和真菌基因组,使得基因组总数达到2301种(细菌595,archaea l32,真核基因组13,病毒1661)其中2058种已经完成测序,另外243种为草图。
2 由DOE JGI得到的79种已经完成测序的基因组测序结果和98种基因组测序草图,使得自主测序获得的微生物基因组总数达到177种。
IMG 2.0的外延广泛,以基因为基础,同NCBI的Entrez Gene以及其它微生物基因组系统,如劳伦斯伯克力美国国家实验室的微生物在线(MicrobesOnline)、Argonne国家实验室的PUMA等建立了广泛联系。
IGM的网址为http://img.jgi.doe.gov/,是由DOE JGI和劳伦斯伯克力美国国家实验室Biological Data Management and Technology Center (BDMTC)联合主办的。IGM每季度升级一次,下一次将为2007年3月1日。
DOE Joint Genome Institute受到DOE科学办公室资助,结合了劳伦斯伯克力实验室、劳伦斯立物莫实验室、Los Alamos实验室、Oak Ridge实验室和西北太平洋实验室这五个国家实验室的技术,与斯坦福人类基因组中心联手进行基因组研究,进行DOC清洁型能源等研发任务。(生物通记者 小粥)