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美生物公司群雄逐鹿,100万美元大奖谁来拿?
【字体: 大 中 小 】 时间:2006年12月14日 来源:生物通
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生物通报道:100万美元重奖能够研制出“10天内完成100个人类基因组样本测序任务(覆盖率不小于98%,误差不大于1/10,000bp)”设备的第一支研究小组!当10月4日X大奖基金会(X Prize Foundation)宣布此项为基因组学设立的Archon X Prize时,即让人兴奋,又让人怀疑。《The Scientist》杂志专栏作者Jeffrey M. Perkel就此争论,给我们做了市场分析。
生物通报道:100万美元重奖能够研制出“10天内完成100个人类基因组样本测序任务(覆盖率不小于98%,误差不大于1/10,000bp)”设备的第一支研究小组!当10月4日X大奖基金会(X Prize Foundation)宣布此项为基因组学设立的Archon X Prize时,即让人兴奋,又让人怀疑。
“这是无论如何也完不成的,”麻省理工学院和哈佛大学的Broad研究院(Broad Institute of MIT and Harvard)基因组测序和分析项目主任Chad Nusbaum说,“我们已经可以对一个基因组进行测序了,但是这些离这个要求还太遥远。”哈佛大学医学院遗传学教授George Church说人类基因组计划的覆盖率只有93%,出错率为1/10,000bp。Nusbaum补充说,人类基因组测序样本并不是来自于一个个体,“是几个个体来源的单模标本的拼接。”
《The Scientist》杂志专栏作者Jeffrey M. Perkel就此争论,给我们做了市场分析。
Perkel说:“我想知道的是,现在是谁在进行这种唐·吉呵德形式的quixotic X Prize”。几个被看好的竞争者:454 Life Sciences、Solexa、Helicos BioSciences、VisiGen Biotechnologies、Applied Biosystems和 Church中,454 Life Sciences和VisiGen Biotechnologies已经注测。
其它公司无角逐之意
新一代游戏玩家Applied Biosystems,当其在今年年初获得Agencourt Personal Genomics(与Church有联系)后,该公司高通量分析研发项目主任Gina Costa说公司决定放弃,不再打算将DNA测序技术商业化。Church也不会,其主打是个人基因组计划(Personal Genome Project),目标是完成个体样本1%的基因组测序(今年完成10个样本,尽快实现数百万样本)。当然,Church也表示,“假如某天我们突然说我们可以轻松摘得100万美元,相信也不会有人晕倒。”
Solexa副总裁和首席科技官Tony Smith绝句透漏其公司是否有意角逐。Helicos市场部高级副主席Steve Lombardi说他们还没有做最后决定。
几个公司最终的目的都是提高测序速度、降低测序成本。目标相同,利益类似是他们进入角逐比赛的动力 。VisiGen会长Susan Hardin说“X Prize与VisiGen的使命一致。”同样,454会长、CEO Chris McLeod说:“我们早已下定决心寻找快速、经济的测序全基因组的方法,我们参与竞争很正常。”
功能已知并且可以检测的遗传变异有几百个,但是其中只有一小部分有临床实践意义,比如syndromic loci和原癌基因。检测这些位点,我们不需要对全基因组进行测序,甚至真的不必研发下一代测序技术,除非是为了提高分析速度。假如我们真的能够将每种健康问题或者易患病体质都与我们的25,000或蛋白编码和调节RNA基因联系起来,也只能代表不到2%的人类基因组。
尽管目前我们对基因组的了解还很少,但公司角逐测序全基因组的动力是什么?Perkel 说:“我推测的几条原因,从弄清人类变化到改善癌症诊治。”大多数的观点是:尽管今天我们还用不到这些数据,我们收集的测序信息越多,后继实验所发现的问题也就越多。Hardin说:“全基因组测序的价值会随着比对的基因组数量的上升,日益凸显。”
另一个问题是:为什么将目标定的这么高?X Prize基金会公共关系主任Ian Murphy说:“关键是根本性的突破,除非我们有能力获得上百个基因组图谱,在几个小时内获得上百个基因组图谱,而不是几天、几个月、几年,我们是不可能使这种技术得到全面发挥的……我们不想增加目标,只是想改变我们的生活方式。”(生物通记者 小粥)